为了将locus tag转换成gene name,我们可以按照以下步骤进行: 获取locus tag与gene name的对应关系数据: 通常,这种对应关系可以通过查询NCBI数据库或其他生物信息学数据库来获取。对于NCBI数据库,你可以通过编程方式(如使用Python的Biopython库)来查询这些数据。 编写一个函数,输入为locus tag,输出为对应
# 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", toT...
首先需要将Locus tag转换为对应的NCBI地址,格式为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Locus tag,如赤桉的ICE1的Locus tag为EUGRSUZ_G01938,那么对应的地址就是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=EUGRSUZ_G01938。这个用Excel就可以实现,公式为=“https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=...
genes$NCBI_url<-paste("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/",genes$ENTREZID,sep="")head(genes) 基因的entrze ID和NCBI url (关于XML包以及xpath的知识,可参考R文,此处直接使用其代码。另外,我发现在爬取大豆 Locus tag过程中似乎不需要更改 xpath?) 调用XML包的getNodeSet()函数以及节点处理dealNodeT...
# 使用bitr函数将基因从SYMBOL转换为ENTREZID genelist <- bitr(gene=DEG, fromType="SYMBOL", to...