所以ceRNA是存在竞争内源关系后对各组分RNA的称呼，包含mRNA, lncRNA, circRNA等一些列RNA。lncRNA则是...
鉴于lncRNA与RNA属于铁杆兄弟,那么lncRNA研究首要考虑就是ceRNA。遥想当年,多少lncRNA研究性文章凭着ceRNA的牵线搭桥,一举成为CNS期刊的眼前红人。显然,有了ceRNA的保驾护航,lncRNA研究才能如履平地。 而在ceRNA这种基因表达调控模式种,lncRNA因也存在与mRNA类似的miRNAs反应元件(MREs),可竞争性结合miRNA以达到调节mRNA...
1、鉴定肺鳞癌中特异性过表达的lncRNA:生信分析(表达谱数据、TCGA数据)、RT-PCR等 2、过表达lncRNA临床相关性研究:ISH、Kaplan-Meier生存分析等 3、LncRNA体内外功能研究:shRNA、基因集富集分析(GSEA)、鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)实验、H&E染色、RT-PCR和ELISA等 4、LncRNA作为ceRNA促进肺鳞癌血管生成和进展的机制研...
长非编码RNA(lncRNA)是一类长于200个核苷酸的RNA分子,对癌症的发生、发展有重要影响。异常表达的lncRNA与各种类型的癌症的发生和发展有关,在lncRNA-miRNA-mRNA调控网络中,lncRNA充当特定mRNA的竞争性内源RNA(ceRNA),调节靶基因,影响基因表达。然而,肺癌中最异常表达的lncRNA的功能和机制尚不清楚。 Twist1是一种重...
2024年10月29日,哈尔滨医科大学王鹏,宁尚伟,李峰共同通讯在Nucleic Acids Research在线发表题为“LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics...
lncRNAceRNA机制和m6A修饰 linc1281是mESC(小鼠胚胎干细胞)分化所必须的分子 1）linc1281在mESC中表达丰度高；而在分化后的细胞中表达量低；2）FISH实验（下图左）及细胞浆/细胞核PCR（下图右）表明linc1281主要分布于细胞浆；3）敲低linc1281并不会影响mESC的自我更新，但是会影响mESC的分化。Linc1281上有m6A修饰 ...
lncRNA作为ceRNA的机制是通过与microRNA(miRNA)竞争结合位点,降低miRNA对靶基因的抑制作用。miRNA是一类长度约为22nt的小分子RNA,能够通过与靶基因mRNA结合并导致其降解或翻译抑制,从而调节基因表达。lncRNA通过与miRNA结合,阻断miRNA对靶基因的作用,使得靶基因的表达水平上升。这种竞争性结合作用可以通过ceRNA网络来描述,...
mRNA 3'UTR可以替换成lncRNA, circRNA等其他类型的非编码RNA，若ceRNA关系仍然存在，也说A是B的ceRNA...
Step 8. 我们回到step 2点击“Experimental data”可以查看已有文献报道的lncRNA相关ceRNA关系对: 我们以第一条结果“MALAT1-miR-125b-Bcl-2”为例,同样点击“Detail”进入详细结果页,页面展示了文献中关于该ceRNA对的内容,包括研究的疾病/细胞系,实验验证的方法,文献的题目与简要概述。
进一步点击“Detail information”下的图标可以显示MALAT1参与的ceRNA关系对: 5 “LncACTBrowser”功能 点击“LncACTBrowser”跳转到如下界面。用户可以通过在对话框中输入转录本名称,ID或染色体位置进行检索。 左侧在“Target Sites”中点击“targetscan”,右侧即可显示Targetscan数据库中收录的相应miRNA与lncRNA结合位点。同...