他们发现受测个体中55％的基因间（intergenic）lncRNA异常事件与附近的罕见变异有关，这表明与lncRNA基因表达相关的罕见变异会影响常见的复杂性状，将lncRNA与疾病性状联系了起来。为了进一步揭示lncRNA基因和疾病的相关性，他们通过数量性状表达位点与全基因组关联（Genome-wide association study，GWAS）共定位分析，发掘...
LncRNADisease (http://www.cuilab.cn/lncrnadisease) [11]是手动收集的经过实验验证的lncRNA-疾病关联关系数据库。当前版本包含大约3000个lncRNA-疾病对和475个lncRNA相互作用对,其中涉及大约2 000个出版文献中的914个lncRNA和329种疾病。 Lnc2Cancer (http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer) [12]是一个...
1、差异lncRNA和mRNA表达谱的鉴定 房颤(AF)组和窦性心律(SR)组之间共有6个lncRNAs差异表达,与SR组相比,AF组有4个lncRNA上调,2个lncRNA下调(图1)。还分析了45种差异表达的mRNA,与SR组相比,AR组有31种mRNA表达下调,14种mRNA表达上调(图1)。 图1. AF和SR组中lncRNA和mRNA的表达谱 2、构建lncRNA-mRNA调...
upgrade-insecure-requeststext/html; charset=utf-8IE=EmulateIE7研究表明长非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)在许多生物的生命活动中发挥着重要作用.识别潜在的lncRNA-疾病关联(lncRNA-disease associations, LDAs)有助于研究疾病的发病机制,及时地诊断,预防和治疗疾病.本文提出了一种基于多图结构和注意...
首先，生信分析不仅能够帮助你解决论文发表需求，通过个性化分析，助你顺利毕业或晋升。它能揭示疾病中关键基因的功能，如lncRNA与免疫浸润的关系，比如探究lncRNA在房颤（AF）与窦性心律（SR）患者中的免疫细胞浸润差异，如B细胞、滤泡辅助性T细胞和静息树突状细胞的动态变化。以GEO数据库中AF的lncRNA和...
:本发明属于lncrna和疾病关联预测的生物信息学领域,设计了一种基于奇异值分解与图对比学习的lncrna-疾病关联预测方法。 背景技术 0、 背景技术: 1、长链非编码rna(long non-coding rna,lncrna)是指具有超过200个核苷酸的长链非编码rna分子。在过去的观念中,人们普遍认为lncrna对基因表达的影响较为有限。然而,随着...
1、本发明提出了基于图自编码器的lncrna与疾病关联预测方法、设备及计算机存储介质,解决了现有关联预测方法所存在的不能有效捕捉疾病与lncrna之间的非线性关系或线性关系、预测效率低以及时间成本和经济成本高的问题。 2、本发明所述的基于图自编码器的lncrna与疾病关联预测方法,其技术方案如下: ...
s102:提取出s101步骤的到的mirna与疾病的关联关系和mirna与lncrna的关联关系中所共有的mirna集,并定义为nm,根据所共有的mirna集筛选出公共mirna和疾病与关联关系和公共mirna与lncrna的关联关系,并分别获得邻接矩阵md和ml,如果存在mirnami与疾病dj有关联则md(i,j)=1,如果不存在mirnami与疾病dj关联则md(i,j)=0...
Description(说明):该程序包实现WLDAP算法,预测lncRNA-疾病关联。 要求 8GB内存MATLAB R2017a或更高版本 相关数据信息需要先加载 known_lncRNA_disease_interaction_1.txt:在我们的方法中,已知lncRNA-疾病关联由邻接矩阵A表示,该矩阵显示疾病与lncRNA之间的二元关联。1代表疾病j与lncRNA i关联,否则为0。该数据集包...
图1. lncRNA基因和附近的蛋白质编码基因NKX2-3的位置。 该研究通过基因型-组织表达项目(GTEx)以及多种分析资源如数量性状表达位点(eQTL),加权基因共表达网络分析(WGCNA)和全基因组关联(GWAS)共定位分析,评估了lncRNA基因的调控模式,揭示了lncRNA在特定细胞环境中与各种复杂性状和疾病的联系。研究中确定了1,432个...