python setup.py install--user## 安装cd~/.local/bin/## 进入软件可调用目录 003、测试命令 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~/.local/bin#./htseq-countusage: htseq-count [options] alignment_file gff_file htseq-count: error: the following arguments are required: samfilenames, featuresfilename ...
计数htseq,bedtools, deeptools, salmon 安装软件 conda install -ysra-toolsconda install -y trimmomatic conda install -ycutadaptmultiqc conda install -y trim-galore conda install -y star hisat2 bowtie2 conda install -y subread tophat htseq bedtools deeptools conda install -y salmon source deacti...
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数,也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon,gene bodies,genomic bins,chromsomal locations等区间的定量。详见👉转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count featureCounts主要参数: -a输入GTF/GFF基因组注释文件 -p这个参数是...
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数,也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon,gene bodies,genomic bins,chromsomal locations等区间的定量。详见转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count featureCounts主要参数: -a输入GTF/GFF基因组注释文件 -p这个参数是针对...
常⽤的基于⽐对的基因定量软件:Htseq-count,bedtools mutilcov,featureCount,因为个人习惯, 讲师这⾥着重讲解 featureCount的用法。 featureCount是subread套件的⼀个模块,最⼤的优点就是速度⾮常快,使用全部overlap的reads计 数,灵活考虑多比对的reads的计数。 subread 软件官⽹网:http://subread.sourcefo...
conda create-n rna python=3#创建名为rna的软件安装环境 conda info--envs #查看当前conda环境 source activate rna #激活conda的rna环境 转录组分析需要用到的软件列表 质控fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt, trim-galore比对star, hisat2, bowtie2, tophat, bwa, subread计数htseq, bedtools, deepto...
001、rev + cut -c实现 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt## 测试数据iuwe sdfdsf23438dsfdj saff324355(base) [b20223040323@admin1 test]$ rev a.txt | cut -c1-3|rev## 截取最后三个字符dsf ...
(9)miniconda安装 (10)conda 使用 (11)软件安装 (12)编译安装 (13)数据下载 (14)数据质控 (15)trimatric质控 (16)参考基因组 (17)注释信息下载解读 (18)hisat2建立索引 (19)hisat2文件缩小 (20)sam转bam (21)htseq定量 个性化处理 (22)count标准化比较 ...
这个脚本需要的软件有:hisat2,SRA-toolkit,samtools,htseq-count 有兴趣的同学可以自己去下载并安装好,记得要配置好环境变量!脚本所用到的参考基因组可以从hisat2官网下载,参考基因组注释文件可以从gencode数据库下载脚本如下 #!/bin/bash #把sra文件都存放在Sra文件夹里面 #参考基因组和注释文件都在hg19文件夹里...
/srv:存放一些服务启动之后需要提取的数据 /sys:安装2.6内核中新出现的一个文件系统sysfs /tmp:存放临时文件 /usr:用户的应用程序和文件都放在这个目录下 /var:存放着不断补充着的东西,把经常被修改的目录放在这个目录下,包括各种日志文件 /usr/bin:系统用户使用的应用程序 ...