关于数据库文件的存放位置的建议:在解压BLAST程序压缩包后,会产生一个名为ncbi-blast-2.14.1+(版本号可以不一致)的文件夹,在该文件夹下创建一个名为workspace的子文件夹(用于执行blast操作),在workspace子文件夹中建立自己对应的数据库文件夹用于存储数据库文件。(路径错误可能是导致你使用BLAST失败的主要原因) 文件...
BLAST命令有多个版本,其中最常见的是NCBI BLAST+软件包。NCBI BLAST+提供了一系列命令行工具,用于执行各种比对任务。 以下是使用BLAST命令进行序列比对和相似性搜索的简要步骤: 1. 安装NCBI BLAST+软件包:可以通过包管理器直接安装,例如在Ubuntu上可以使用以下命令: “`shell sudo apt-get install ncbi-blast+ “` ...
blast安装包网址:Index of /blast/executables/blast+ 我安装的是2.9.0版本 1.下载安装linux版本 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz cd ncbi-blast-2.9.0+/ ./bin/blastp -h...
blastn:将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比对 blastp:使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比对 blastx:将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对 tblastn:将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对 tblastx:将DNA被检索的序列和...
blast在linux上的用法 blast包含核酸序列比对,蛋白序列比对等。 主要有两个步骤: 建库(makeblastdb) 比对(blast) blastall的常用参数 -p:执行的程序名称 -d:检索的数据库名称 i:要查询(要研究的物种序列)的序列文件名(Query File),fasta格式 -e(数学):期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10,...
linux中批量blast 文心快码BaiduComate 在Linux中批量执行BLAST操作,可以通过编写一个Shell脚本来实现。以下是一个详细的步骤指南,包括准备BLAST程序、准备待比对序列文件、编写Shell脚本、设置BLAST参数、运行脚本以及检查结果。 1. 准备BLAST程序和待比对序列文件 首先,确保你的Linux系统中已经安装了BLAST程序。你可以通过...
blast最新的源码包:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 选择适合自己系统的源码包,这里选择“ncbi-blast-2.13.0+-src.tar.gz ” 解压并进入源码路径 tar-xzvf ncbi-blast-2.13.0+-src.tar.gzcdncbi-blast-2.13.0+-src/c++/ ...
blastnlinux命令是一种在Linux系统中执行BLASTn程序的命令。BLASTn是一种常用的生物信息学工具,用于在生物序列数据库中搜索相似序列。下面是blastnlinux命令的用法和一些常见参数的解释: 1. 安装BLASTn程序:在Linux系统中安装BLASTn程序可以通过包管理器进行安装,例如使用apt-get命令:sudo apt-get install ncbi-blast...
第一步:安装BLAST 在Linux系统中,BLAST有如下几个版本可供选择:BLAST+和NCBI BLAST。BLAST+是由NCBI提供的较新版本,拥有更多的功能和改进的性能。NCBI BLAST是由NCBI提供的经典版本。在本文中,我们将介绍如何安装BLAST+。 1.打开终端并使用sudo su命令切换到超级用户模式。 sudo su 2.更新软件包列表。 apt-get ...
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web 基本的BLAST工具包括: 图1 BLAST blastn:核酸搜核酸数据库blastp:蛋白质搜蛋白质数据库 blastx:DNA用所有可能的阅读框翻译成翻译成蛋白后搜蛋白数据库 tblastn:查询的蛋白序列搜索核酸数据库中,DNA序列翻译后的蛋白序列 tblastx:核酸序列翻译成蛋白...