# 同时生成control.GeneSet文件,也就是所有的基因library(dplyr)library(data.table)setwd("/public/share/wchirdzhq2022/Wulab_share/LDSC/Mouse_cochleae/")scGene=fread("Sc_P8_12_20.txt")homologs_1to1=fread("HomGene1to1_mouse2human.txt")[,2:3,with=FALSE]colnames(homologs_1to1)=c("human_...
➌LDSC的结果通常包括遗传相关性估计、遗传相关性的标准误差和遗传相关性的p值等信息。 ➍需要注意的是,解释LDSC的结果时,应该将其视为关联性证据,并不能确定因果关系。因此,在解释LDSC结果时,需要谨慎考虑其他可能的解释和因果关系的证据。 ➎总之,要查看LDSC的结...
LDSC(LD Score regression)是一种广泛应用于遗传相关性分析的方法,主要用于估计复杂性疾病和特征的遗传贡献。该方法基于遗传连锁不平衡(LD)的概念,通过估算每个单核苷酸多态性(SNP)的LD Score来推断其与复杂性状之间的关联强度。LD Score是一种衡量SNP与周围SNP之间LD关联程度的统计量。🔍 原理详解: LDSC利用遗传...
LDSC,LD分数回归,2015年由Brendan K Bulik-Sullivan提出的方法,旨在从样本量日益增加的GWAS结果的inflation中辨别confounding(混杂因素)还是polygenicity(多基因效应)。 二、LDSC模型介绍 LDSC认为,与causal variant处于LD的变异(即共享一定的遗传背景),该变异位点的测试统计量会因为其与causal variant的LD程度(通常以r...
git clone https://github.com/bulik/ldsc.gitcd ldsc ② 安装ldsc依赖的环境 conda env create --file environment.ymlsource activate ldsc ③ 测试是否安装成功 如果安装成功,输入./ldsc.py -h代码会出现如下图: ④ 准备summary文件summary.txt su...
hub.nuaa.cf/bulik/ldsc/ 用自己的注释数据计算分区遗传力步骤: 首先需要下载ldsc的一些官方文件: storage.googleapis.com/ 参考基因型文件storage.googleapis.com/ 基因型频率文件storage.googleapis.com/ 权重文件 具体步骤 根据自己的注释bed文件生成annot.gz文件。注意,生成annot.gz文件后最好手动像其中添加一列...
尽管我们在GWAS分析中,可以通过协变量来校正群落分层等因素,但是混淆因素是无法完全消除的。为了保证分析结果的准确性,我们就需要评估GWAS分析结果中以上两个因素的占比,只有当混淆因素占比很低时,才能说明我们的分析结果是可靠的,此时我们就可以通过LDSC来探究这个混淆因素的占比。
https://github.com/bulik/ldsc 1. 软件安装 1.1 windows安装教程 首先配置: anaconda,为了需要conda环境 git,为了下载github中的ldsc程序 打开windows电脑中的promote: 键入命令: gitclonehttps://github.com/bulik/ldsc.git cdldsc condaenvcreate--fileenvironment.yml sourceactivateldsc ...
本公司生产销售电缆 同步定点仪 电缆,提供电缆专业参数,电缆价格,市场行情,优质商品批发,供应厂家等信息.电缆 电缆 品牌龙电电气|产地湖北|价格1000.00元|型号LD-2003|电压220|电磁通道增益≥110dB|输出容量2kVA|屏幕尺寸10.4寸|电磁通道接收机灵敏度≤5μV|数显距离最大99.
翻译 LDSc 释义 [医][=Licentiate in Dental Science]牙科学硕士,有开业证书的牙科医生