git clone https://github.com/bulik/ldsc.git cd ldsc In order to install the Python dependencies, you will need theAnacondaPython distribution and package manager. After installing Anaconda, run the following commands to create an environment with LDSC's dependencies: ...
https://github.com/bulik/ldsc 1. 软件安装 1.1 windows安装教程 首先配置: anaconda,为了需要conda环境 git,为了下载github中的ldsc程序 打开windows电脑中的promote: 键入命令: gitclonehttps://github.com/bulik/ldsc.git cdldsc condaenvcreate--fileenvironment.yml sourceactivateldsc 可以看到,正在从github...
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参考官方文档: LD Score Estimation Tutorial · bulik/ldsc Wiki · GitHub (nuaa.cf)hub.nuaa.cf/bulik/ldsc/ 用自己的注释数据计算分区遗传力步骤: 首先需要下载ldsc的一些官方文件: storage.googleapis.com/ 参考基因型文件storage.googleapis.com/ 基因型频率文件storage.googleapis.com/ 权重文件 具体步骤 ...
https://github.com/bulik/ldsc 1. 软件安装 1.1 windows安装教程 首先配置: anaconda,为了需要conda环境 git,为了下载github中的ldsc程序 打开windows电脑中的promote: 键入命令: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 git clone https://github.com/bulik/ldsc.git ...
通过对单个表型的GWAS分析结果进行连锁不平衡回归分析,可以鉴定是否存在混淆因素,同时估计遗传力的大小;对于多个不同表型的GWAS分析结果进行分析,则可以计算表型间的遗传相似度。 通过ldsc这款软件,可以方便地进行LDSC分析,源代码保存在github上,网址如下 https://github.com/bulik/ldsc ...
git clone --filter=blob:none --sparse https://github.com/lcrawlab/i-LDSC.git Test Then after changing the directorycd i-LDSC, one could copy over all of the python scripts needed to run analyses using the command line: git sparse-checkout set --no-cone \*.py \*requirements.txt \...
针对单个表型的GWAS分析,LDSC可以鉴定是否存在混淆因素,估计遗传力的大小;对于多个表型,则可以根据对应的卡方统计量,计算表型间的遗传相似度。 关于LDSC的分析,有一个同名软件,网址如下 https://github.com/bulik/ldsc 后续会详细介绍其用法。
我因为之前转过,这里就转了一个,大家需要转俩个。w_hm3.snplist以及后面需要的chr文件(指定ldsc回归权重所用的LDscore文件)可以使用plink准备(参照文末推荐链接),也可以按官网的下载准备:https://github.com/bulik/ldsc/wiki/LD-Score-Estimation-Tutorial。
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git cd ldsc In order to install the Python dependencies, you will need the Anaconda Python distribution and package manager. After installing Anaconda, run the following commands to create an environment with LDSC's dependencies: conda env create --fil...