使用conda安装了LDBlockShow之后,在使用过程中出现以上报错,提示“Can't locate SVG.pm in @INC xxx /bin/ShowLDSVG line 24”,这个报错的原因是缺少Perl语言的SVG模块,本篇笔记提供一个方法,解决LDBlockShow安装和使用的过程中的问题。 使用conda安装LDBlockshow image-20231110123107257 在Linux系统中,先使用conda...
使用conda安装了LDBlockShow之后,在使用过程中出现以上报错,提示“Can't locateSVG.pmin @INC xxx /bin/ShowLDSVG line 24”,这个报错的原因是缺少Perl语言的SVG模块,本篇笔记提供一个方法,解决LDBlockShow安装和使用的过程中的问题。 使用conda安装LDBlockshow image-20231110123107257 在Linux系统中,先使用conda创建...
1.可视化展示:ldblockshow能够以图表的形式显示链式数据结构,使开发者能够清晰地看到数据的连接关系和流向。这种直观的展示方式可以让开发者更好地理解代码中的数据结构。 2.交互式操作:ldblockshow支持对链式数据结构进行交互式操作,包括插入、删除、查找等操作。开发者可以通过直接点击图表来进行操作,而不需要编写复杂...
LDBlockShow 主要用于基于 VCF 文件快速产生连锁不平衡(LD)热图(热图内同时显示单 体型范围)。比起其他类似工具,LDBlockShow 所用时间更短,所需内存更小。LDBlockShow 可联合 GWAS 或者其他统计结果以及基因组注释文件一起联合作图。而且 LDBlockShow 支 持子群体分析。 2. 下载与安装 2.1 下载网址 https://git...
第一部分:ldblockshow工具简介 在这一部分,我们将首先介绍ldblckshow工具的背景和作用。 1.1什么是ldblckshow工具? ldblkshow是一种用于链下数据展示的开源工具,它提供了一种可视化的方式来呈现和分析区块链数据,无论是历史数据还是实时数据。 1.2 ldblckshow工具的用途是什么? ldblkshow工具可以帮助用户更好地理解...
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画,haploview软件毛病比较多,比如不能有多态位点,输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow,比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点,直接输入vcf文件即可,简直就是心头好。
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画,haploview软件毛病比较多,比如不能有多态位点,输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow,比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点,直接输入vcf文件即可,简直就是心头好。
git clone https://github.com/hewm2008/LDBlockShow.git cd LDBlockShow ; chmod 755 configure ; ./configure; make; mv LDBlockShow bin/; # [rm *.o] Note:If failed to link,try tore-installthe librarieszlib Option 2: tar -zxvf LDBlockShowXXX.tar.gz cd LDBlockShowXXX; cd src; sh ma...
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画,haploview软件毛病比较多,比如不能有多态位点,输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow,比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点,直接输入vcf文件即可,简直就是心头好。
LDBlockShow_SOURCES = src/LDBlockShow.cpp LDBlockShow_LDFLAGS = -g -O2 LDBlockShow_LDADD = -lz all: config.h $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all-am .SUFFIXES: .SUFFIXES: .cpp .o .obj am--refresh: @: $(srcdir)/Makefile.in: $(srcdir)/Makefile.am $(am__configure_deps...