必应词典为您提供ld-block的释义,网络释义: 区块;连锁不平衡结构域;
bash plot_ld_block_vcf.sh ../geno/genotype.vcf 2 141942814 100000 bash plot_ld_block_vcf.sh ../geno/genotype.vcf 2 141942735 100000 bash plot_ld_block_vcf.sh ../geno/genotype.vcf 1 175504926 100000 bash plot_ld_block_vcf.sh ../geno/genotype.vcf 10 33619582 100000 bash plot_ld_bloc...
gitclonehttps://github.com/hewm2008/LDBlockShow.git cdLDBlockShow;chmod755configure;./configure; make; mvLDBlockShowbin/;#[rm*.o] 3. 软件测试 数据:file.vcf 代码:这里,绘制染色体1,位置区间是:49670000:49780000 LDBlockShow-InVCFfile.vcf-OutPutre5-Region1:49670000:50680000-OutPng-SeleVar1 结...
1. 软件链接：[github.com/BGI-shenzhen]2. 中文说明书链接：[github.com/hewm2008/LDB]完成软件安装后，我们可以通过以下代码绘制一个染色体片段的LD块图，例如，绘制染色体1，位置区间为49670000至49780000。运行代码后，将得到一个展示LD块的图片。为了进一步提高可视化效果，可以使用Heatmap和block进行...
LD block经常出现于GWAS和重测序相关的文献中。因此,理解它对于后面的GWAS学习非常重要。文章对于LD block这个图解释得非常通俗,清楚。文章中举例子的这个图应该是软件Haploview画出来的。如果你是新司机,看看就应该理解了。如果你是老司机,其实这篇博文也等于白说。
最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画,haploview软件毛病比较多,比如不能有多态位点,输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow,比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点,直接输入vcf文件即可,简直就是心头好。
#下载,执行以下命令即可gitclonehttps://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow.gitchmod755configure./configure--prefix=$PWDmake mv LDBlockShow bin/ 这样即安装好了。 2. LDBlockShow参数 cd bin ./LDBlockShow LDBlockShow参数1.jpg 如果想了解更详细的参数,执行以下命令 ...
LDBlock #安装官网介绍安装LDBlock git clone https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow.git chmod 755 configure ; ./configure ; make; mv LDBlockShow bin/ ; #按照官网例子使用 ~/biosoft/LDBlockShow/bin/LDBlockShow -InVCF sample.filter.vcf -OutPut out -Region 2:2000-10000 -OutPng -Sele...
LD decay 那是基因组的平均衰减距离； 和你具体要分析的LD block 是两个概念；
1.可视化展示:ldblockshow能够以图表的形式显示链式数据结构,使开发者能够清晰地看到数据的连接关系和流向。这种直观的展示方式可以让开发者更好地理解代码中的数据结构。 2.交互式操作:ldblockshow支持对链式数据结构进行交互式操作,包括插入、删除、查找等操作。开发者可以通过直接点击图表来进行操作,而不需要编写复杂...