举例来说,如果你先定义了fix nvt命令,然后又定义了fix nve命令,这样做并不会将先定义的NVT时间积分取消掉,而是这两个时间积分同时进行。 如果你在定义一个新的fix命令时,所使用的ID和类型名与某个已经定义的fix命令完全相同,那么先前定义的那个fix命令就会被删除掉,而新的fix命令会被创建,所使用的参数也是重新定...
fix命令下通过nvt和npt的控温参数是用temp关键词来进行设定。其它控温相关的关键词包括tchain、tloop和drag,下面对此进行讨论。 控温器仅仅应用在拥有平移自由度的粒子。平移自由度可以在进行控温前移除偏速度(bias velocity),参见下面进行的讨论。期望的温度在运行的每一个时间步都随着Tstart到Tstop不断上升。Tdamp参数...
fix命令下通过nvt和npt的控温参数是用temp关键词来进行设定。其它控温相关的关键词包括tchain、tloop和drag,下面对此进行讨论。 控温器仅仅应用在拥有平移自由度的粒子。平移自由度可以在进行控温前移除偏速度(bias velocity),参见下面进行的讨论。期望的温度在运行的每一个时间步都随着Tstart到Tstop不断上升。Tdamp参数...
ID 是fix名,group-ID是fix所作用的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。 style_name可以选择NVT、NPT或者NPH 关键词keyword和对应的数值value可以添加 keyword = temp or iso or aniso or tri or x or y or z or xy or yz or xz or couple or tchain or pchain or mtk or tloop or ploop or nr...
fix命令的ID只能包含字母、数字和下划线。 fix命令所施加的约束可以被unfix命令删去。 注意:使用unfix命令是唯一用来关闭fix命令所施加的约束的方法。如果只是指定一种新的类似的fix命令并不会关闭之前的fix命令。这对于进行积分的fix命令特别重要。举例来说,如果你先定义了fix nvt命令,然后又定义了fix nve命令,这样做...
LAMMPS中的系综（NPTNVT）命令 LAMMPS中的系综（ NPTNVT）命令 语法：fix ID group-ID style_name keyword value ...ID 是fix名，group-ID是fix所作⽤的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。 style_name可以选择NVT、NPT或者NPH 关键词keyword和对应的数值value可以添加 keyword = temp or iso or aniso ...
fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综,原子数、体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综,温度由 100K 到 0.0001...
这个并不是从初始温度到目标温度的时间步数目的数值。具体见lammps使用手册中fix npt命令的说明。
fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综,温度由 100K 到 0.0001K run 1000 # 运行 1000 步 print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 ...
40、imestep $dt thermo $d # equilibration and thermalization velocity all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian fix NVT all nvt temp $T $T 10 drag 0.2 run 8000 # viscosity calculation, switch to NVE if desired #unfix NVT #fix NVE all nve reset_timestep 0 variable pxy equa...