(1)在ms中使用AC模块建一个包含10个链的聚乙烯模型,力场选择compass力场 (2)导出car文件,使用msi2lmp进行转换。 compass力场和pcff力场类似,对应的转换类型为2(或II),因此,msi2lmp转换命令为: msi2lmpPE-classII-frccompass_published-i>data.pe 上式中的compass_published对应lammps自带的力场文件compass_publish...
注意compass属于第二代力场,角和二面角以及离平面项有多个能量项构成,需要在coeff单独设置每个能量项的参数。 拓扑文件和一般一代力场的拓扑文件相同。 另外,通过materials studio导出的含有compass力场描述的car文件,将其通过msi2lmp工具转化为lammps的data文件,也可一窥compass力场全貌。 run.in.EXAMPLE 339· 百度网盘...
力场由两部分组成:定义力场的公式和用于特定系统的系数。这里我们只讨论 LAMMPS 中实现的公式,这些公式对应于 CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场中常用的公式。设置系数可以通过 read_data 命令从输入数据文件中的特殊部分完成,也可以在输入脚本中使用 pair_coeff 和 bond_coeff 等命令完成。请参阅 Tools 文档...
力场: (命令:pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style) 对相互作用势:L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated. 带点对相互作用势:Coulombic, point-dipole. 多体作用势:EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-...
力场: (命令:pair style,bond style,angle style,dihedral style,improper style, kspace style) 对相互作用势:L-J, Buckingham, Morse,Yukawa, soft,class2(COMPASS), tabulated. 带点对相互作用势:Coulombic,point-dipole。 多体作用势:EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger—Weber,Terso...
pair_style lj/class2: COMPASS 力场势函数。 pair_style lj/cut:截断的 LJ 势 pair_style lj/expand: 扩展 LJ 势函数, 粒子半径可以为变量。 pair_style lj/gromacs: GROMACS 型 LJ 势。 pair_style lj/long: 长程 LJ 势。
lammps里面怎么把impropers角度导入到data文件里面？有人用过lammps里面的compass力场吗？怎么得到相应的...
lammps里面怎么把impropers角度导入到data文件里面？有人用过lammps里面的compass力场吗？怎么得到相应的...
力场: (命令:pair style, bond style, angle style,dihedral style,improper style,kspace style) 对相互作用势:L—J, Buckingham, Morse,Yukawa,soft,class2(COMPASS), tabulated. 带点对相互作用势:Coulombic,point-dipole. 多体作用势:EAM, Finnis/Sinclair EAM,modified EAM(MEAM), Stillinger—Weber, Terso...
力场: (命令:pair style,bond style,angle style,dihedral style,improper style,kspace style) 对相互作用势:L—J,Buckingham, Morse,Yukawa,soft,class2(COMPASS), tabulated. 带点对相互作用势:Coulombic,point-dipole。 多体作用势:EAM,Finnis/Sinclair EAM,modified EAM(MEAM),Stillinger-Weber,Tersoff,AIREBO...