c = avgr(avgc_ovito(ovito_atoms, 'Position.Z'))*2 print(a,b,c) 3.点击“Compute”按钮,进行计算。 4.在右侧菜单栏中选择“Console”,可以看到计算得到的晶格参数。 使用Python处理数据的方法如下: 1.打开Python,使用pandas库读取LAMMPS的输出文件,例如: import pandas as pd data = pd.read_csv('d...
这些compute命令的style中含有atom字样,例如ke/atom、stress/atom等等。对于标量的per-atom value来说,可以使用c_myKE调用;对于矢量的per-atom value的某个分量,可以使用c_myStress[2]调用。 fix命令生成可输出到dump文件的per-atom values。例如,fix ave/atom命令计算每个原子属性值的时间平均,就像那些per-atom com...
2.将MS建立的模型导出成.car格式文件，同时自动产生.mdf文件(mdf文件中保存有对应的力场参数信息,如上面的cvff力场)。3.打开command命令行，将msi2lmp.exe拖动到命令行中，空一格；将上述生成的.mdf文件拖动到命令行中，去除后缀.mdf，空一格，输入-p 1 –c 1 –frc，空一格；将lammps安装目录下的...
看到这些同学写的in文件,似乎看到了两年前自己初学LAMMPS时写的in文件时的样子,即其中内容杂乱无章,书写逻辑只有自己知道,自己调试起来都非常麻烦,更别说让其他人帮你改错了,所以今天就拿LAMMPS计算空位形成能的这个简单的in文件例子并结合自身的学习经历来跟各位简单的聊一聊...
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LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一种用于原子、分子和离子系统的分子动力学模拟软件。在LAMMPS中,高分子链通常通过定义原子类型和键来表示。每个原子都有一个类型,而键则定义了原子之间的连接关系。要显示高分子链,首先需要在LAMMPS输入文件中定义高分子链的原子类型和键,然后运行模拟...
(2)研究高分子材料的分子构象 林凡c 12-20 0 LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 林凡c 公众号:助力科研 LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 培训时间:长期招生 (录播视频课程+群答疑指导+全部资料文件) 写在前面 LAMMPS是一款经典的分子动力学软件,免费开源,可以模拟液态、固态或气态的粒子的系综。目前LAMMPS计算...
git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@1515 f3b2605a-c… 50 51 52 53 int firstgroup; // store atoms in this group first, -1 if unset int nfirst; // # of atoms in first group on this proc char *firstgroupname; // group-ID to store first, NULL if unset No...
其中,非平衡分子动力学(Non-equilibrium Molecular Dynamics,NEMD)是一种重要的分子动力学模拟方法,它可以模拟材料在非平衡状态下的性质,如热传导、流变性等。本文将介绍LAMMPS中的非平衡分子动力学方法及其应用。 一、LAMMPS中的非平衡分子动力学方法 LAMMPS中实现了多种非平衡分子动力学方法,包括温度梯度法、剪切流法...
LAMMPS是一款基于分子动力学(MD)方法的模拟器,可以模拟原子和分子的运动和相互作用。在纳米切削模拟中,LAMMPS可以模拟切削过程中原子间的相互作用、切削力、切削热、材料去除机制等,从而帮助研究人员理解纳米切削的物理过程和优化切削参数。 二、LAMMPS纳米切削模拟...