举例来说,通过交错地使用create_atoms命令和lattice命令(配置为不同晶向orientations),就可以创建晶界;联合使用create_atoms命令和delete_atoms命令,可以创建非常复杂的体系。 create_atoms命令也可以在已经读入的体系中继续创建原子。在所有列举的这些情况中,都需要注意不要让新创建的原子与已经存在的原子重叠。可以使用del...
delete_atoms overlap 0.1 all all #在完整定义pair_style后添加这一行命令用来删除重叠原子,根据units的设定来决定0.1处的值 如果log文件中出现了原子被删除,说明建立模型有原子重叠(overlap),则需要重新修改模型 检查data文件是否存在原子坐标重复的问题,建议在文档里查找一下,我是采用MS建模转换文件,所有原子都重复*...
语法 delete_atoms style args keyword value style可选:group, region, overlap, porosity keyword可选:compress, bond, mol 举例 delete_atoms group edge delete_atoms region sphere compress no delete_atoms overlap 0.3 all all delete_atoms overlap 0.5 solvent colloid delete_atoms porosity cube 0.1 482793...
LAMMPS出现”lost of atoms”错误通常意味着部分原子在模拟过程中脱离了模拟箱。以下是几种可能的解决策略：更改边界条件：尝试将固定边界改为周期性条件。这有助于防止原子因边界限制而丢失，但需要重新评估边界设置的适用性，以避免可能引发的新问题，如”too many atom sorting bins&...
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在本例中，有两种晶格（Ni和石墨烯），所以用到两次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要确定最近的lattice命令是不是即将要填充的原子。大家可以测试以下两段代码，看看r1，r2内的晶格原子是否相同？#代码1：（1）lattice fcc 3.52（2）region r1 block 0 10 0 10 0 10...
–create_atoms:用于在模拟系统中生成原子。 –pair_style:用于选择力场模型。 –pair_coeff:用于设置每个原子对的力场参数。 –fix:用于对模拟系统的原子施加一定的约束。 –run:用于运行模拟。 5. LAMMPS的输出和分析 LAMMPS会输出模拟结果和统计数据,您可以将其保存到文件中,以便进行后续的分析和可视化。在输入文...
create_atoms命令是lammps建模命令中必不可少的一个命令,主要功能是在指定区域内填充一定数量的原子。 create_atoms命令格式为: AI检测代码解析 create_atoms type style args keyword values ... 1. 其中,type指定填充原子的类型,style指定填充原子的方法,lammps提供了box 、region 、single和random 4种填充原子方式...
1.lattice fcc3.61#Cu2.region zbox block06001000100units box3.region cubox block0600100050units box4.create_box6zbox5.create_atoms1region cubox6.lattice diamond3.56#C7.region ball sphere30137510units box8.create_atoms6region ball9.#划分区域10.region lower blockINFINFINFINFINF5units box11.group lowe...
lammps建模时,我们使用create_atoms创建原子,有些情况下,需要删除一些原子,用到的命令为:delete_atoms。 delete_atoms语法: AI检测代码解析 delete_atoms style args keyword value ... 1. 下面介绍delete_atoms常见的用法 1.删除组内或区域内原子 整组或者整个区域删除原子,直接使用group或者region关键字即可,删除原...