neigh_modify delay 0 every 1 check yes #邻近原子列表更新速度 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5 #相互作用势:原子编号类型, 键和角的相互作用势:OM距离 ,截断 pair_coeff 1 1 0.1852573718 3.1589 pair_coeff 1 2 0.0000000000 1.5795 pair_coeff 2 2 0.0000000000 0.0000 bond_coeff 1...
如果没跟分子,不能从0开始 mass 1 15.9994 #原子类型,质量 mass 2 1.008 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modify delay 0 every 1 check yes #邻近原子列表更新速度 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5 #相互作用势:原子编号类型, 键和角的相互作用势:OM距离 ,截断 pair_coef...
j 索引不是本地原子索引,而是指定在 0 和 (numneigh[i]-1) 之间,即根据其在邻居列表中的位置。输出值是中心原子 i 的相邻原子 j 的局部原子索引。 而计算相互作用时,常见且直观的方法就是遍历存在邻居列表的所有中心原子,并在每个邻居列表上再遍历其列表内的其他原子,计算两两作用力最后累和。借用下图进行说...
4. 定义分子间相互作用力场 使用pair_style和pair_coeff命令定义分子间相互作用力场,包括势能和力的计算方式、类型和参数等信息。例如: pair_style lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 10.0 pair_modify shift yes 其中,lj/cut/coul/long表示采用Lennard-Jones势和长程库伦相互作用势计算分子间相互...
(聚变研究领域)W-He体系经典相互作用势 一般来说,判断一个经验势好不好的标准就是它的计算值与DFT的计算值的吻合程度是否很高,但是DFT可以计算的能量值有很多,经验势往往可能只能与其中一部分值吻合的比较好,所以这也是在一定程度上限制了经验势的使用范围。例如上述文章,只显示了缺陷形成能以及迁移能这部分能量与...
1.引言 2.LAMMPS 中的 sigma 定义 3.原子半径的定义和计算方法 4.sigma 与原子半径的换算方法 5.结论 正文: 1.引言 LAMMPS 是一种广泛应用于材料模拟领域的分子动力学模拟软件。在 LAMMPS 中,sigma 是用来描述原子间相互作用的参数,而原子半径则是描述原子大小的重要参数。本文将介绍如何在 LAMMPS 中进行 sigma...
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...
在用LAMMPS进行分子动力学模拟之前,最重要的一件事就是找到合适的相互作用势,那么如何判断所得到的经验势是否合适呢?今天就结合一个简单的实例介绍一下如何去判断: 直观判断:做个简单的动态弛豫模拟,看看体系是否稳定,结构是否变混乱,具体弛豫模拟可见我之前的推文:LAMMPS学习系列(1); ...
——FTBC-C4自组装大分子单点能计算1)能带分析和dos:view——得到能带图和dos图(4)结果分析——在三维模型(.xsd)窗口下分析所需性质计计算实例 ——FTBC-C4自组装大分子单点能计算能带图(左)dos图(右)用来分析杂化轨道相互作用情况和费米能级附近电荷跃迁情况——材料的导电性能计算实例能带图(左)计算实例 ...
LAMMPS是一款分子动力学软件,它可以模拟原子和分子之间的相互作用,从而研究材料的性质和行为。而为了让LAMMPS能够在不同的平台上运行,需要进行编译,本文将详细介绍LAMMPS编译的相关知识。 1. 安装必要的软件包 在进行LAMMPS编译之前,需要先安装一些必要的软件包,包括g++、make、mpi、fftw和OpenMP等。其中,mpi是用于并行...