4. 定义分子间相互作用力场 使用pair_style和pair_coeff命令定义分子间相互作用力场,包括势能和力的计算方式、类型和参数等信息。例如: pair_style lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 10.0 pair_modify shift yes 其中,lj/cut/coul/long表示采用Lennard-Jones势和长程库伦相互作用势计算分子间相互...
1.引言 2.LAMMPS 中的 sigma 定义 3.原子半径的定义和计算方法 4.sigma 与原子半径的换算方法 5.结论 正文: 1.引言 LAMMPS 是一种广泛应用于材料模拟领域的分子动力学模拟软件。在 LAMMPS 中,sigma 是用来描述原子间相互作用的参数,而原子半径则是描述原子大小的重要参数。本文将介绍如何在 LAMMPS 中进行 sigma...
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...
本吧热帖: 1-请教一下贴吧各位大佬,在lammps中怎么计算氢键的数量啊, 2-今年刚上的研究生,研究方向纳米材料表面行为与控制,摩擦界面力 3-才开始算了一丢丢。。不知道哪儿出问题了有大神吗 4-请问一下,如果想求滑动过程的摩擦力,应该用什么命令? 5-石墨烯剪切 6-吧规
所有MD模拟均使用LAMMPS软件包进行。在MD模拟中,分子的运动都由牛顿方程描述,并使用速度Verlet算法求解。Gaussian 16软件用来计算分子的部分电荷,并应用6-311G(d,p)基函数进行计算。GAFF力场用于描述TMC、PN、PXN和TN分子。分子力场由非键和键相互作用组成,非键相互作用包括范德华(vdW)和静电相互作用。
在用LAMMPS进行分子动力学模拟之前,最重要的一件事就是找到合适的相互作用势,那么如何判断所得到的经验势是否合适呢?今天就结合一个简单的实例介绍一下如何去判断: 直观判断:做个简单的动态弛豫模拟,看看体系是否稳定,结构是否变混乱,具体弛豫模拟可见我之前的推文:LAMMPS学习系列(1); ...
IN文件中需定义原子类型、相互作用力类型(如范德华力、库仑力等),并通过计算原子间相互作用力,探讨不同原子之间的相互作用规律。 四、总结与展望 本文通过介绍五个IN文件案例,展示了LAMMPS在原子/分子模拟领域的广泛应用。这些案例涵盖了从简单晶胞模型到复杂纳米结构生长、颗粒填充等方面的研究。通过对不同案例的分析...
如果没跟分子,不能从0开始mass1 15.9994#原子类型,质量mass 2 1.008neighbor2.0 bin#截断半径相关的东西neigh_modify delay 0 every 1 check yes#邻近原子列表更新速度pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5#相互作用势:原子编号类型, 键和角的相互作用势:OM距离 ,截断pair_coeff 1 1 ...
4.解决方法 为了解决原子丢失问题,研究人员可以采取以下几种方法: (1)检查模拟中的原子类型和相互作用参数,确保它们设置得当。 (2)优化 LAMMPS 的计算算法,减少计算过程中的错误。 (3)调整模拟的时间步长(timestep)和收敛标准,使得模拟更加稳定。 (4)对于严重的原子丢失问题,可以尝试重新初始化模拟,或者采用其他模...
atom_style。。。 初始模型构建(读取模型数据) lattice region read_data group create_atoms delete_atoms。。。 定义原子间相互作用势或设置力场(势文件或力场文件) pair_style pair_coeff 定义原子/体系某些信息的计算(原子势能。。。) compute 定义输出原子(坐标)/体系(热力学)信息 ...