1-2、1-3、1-4 邻居是指分子中原子之间的特定邻居关系,例如1-2指的是直接相邻的原子,1-3和1-4分别指的是二级和三级邻接原子,这些关系对力场计算非常重要。 替代方法: 同样,extra special per atom设置也已被弃用,应该使用extra/special/per/atom设置。这个设置可以在LAMMPS 数据结构中预分配空间,以存储这些特...
如果没跟分子,不能从0开始 mass 1 15.9994 #原子类型,质量 mass 2 1.008 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modify delay 0 every 1 check yes #邻近原子列表更新速度 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5 #相互作用势:原子编号类型, 键和角的相互作用势:OM距离 ,截断 pair_coef...
4. 定义分子间相互作用力场 使用pair_style和pair_coeff命令定义分子间相互作用力场,包括势能和力的计算方式、类型和参数等信息。例如: pair_style lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 10.0 pair_modify shift yes 其中,lj/cut/coul/long表示采用Lennard-Jones势和长程库伦相互作用势计算分子间相互...
1.引言 2.LAMMPS 中的 sigma 定义 3.原子半径的定义和计算方法 4.sigma 与原子半径的换算方法 5.结论 正文: 1.引言 LAMMPS 是一种广泛应用于材料模拟领域的分子动力学模拟软件。在 LAMMPS 中,sigma 是用来描述原子间相互作用的参数,而原子半径则是描述原子大小的重要参数。本文将介绍如何在 LAMMPS 中进行 sigma...
定义一个长方体区域叫box,长宽高 单位angstromcreate_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1#create_box N region-ID keyword value ...;box支持多少种(大于等于实际最大值):原子类型 键角 每个原子包含键和角molecule tip4 mol.data#导入模型,需要molecule...
而计算相互作用时,常见且直观的方法就是遍历存在邻居列表的所有中心原子,并在每个邻居列表上再遍历其列表内的其他原子,计算两两作用力最后累和。借用下图进行说明,还是较好理解的,一个双层遍历。 四、获取物理常数 物理常数也是lammps中不可缺少的一类常量,他存储着多个实际物理量或方便计算的物理量系数以供调用,但值得...
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1.LAMMPS简介 2.IN文件概述 3.IN文件案例解析 4.案例一:二维晶胞模型 5.案例二:三维晶胞模型 6.案例三:纳米线生长模拟 7.案例四:颗粒填充模拟 8.案例五:原子间相互作用力分析 9.总结与展望 正文: 一、LAMMPS简介 LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款开源的分子动力学模拟软...
在相同条件下制备的三种PAR膜的排斥数据遵循PAR-PN>PAR-PXN>PAR-TN膜的顺序(图4B)。这表明拒绝变化与PN链的尺寸非常吻合,主要表现为随着烷基链的增加,相互作用呈下降趋势。因此,作者得出结论,交联PAR网络的微孔性由于PN单体的烷基链的存在而增强,因此排异率的降低伴随着渗透率的提高。
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...