atomsksio2.cif-orthogonal-cellsio2.lmp 转为正交后的sio2.lmp: 不论初始的夹角为多少度,都可以使用atomsk转为正交结构。 斜交转正交后,晶格的划分方法变了,所以晶格的尺寸和晶格内原子个数均发生变化,在扩胞的时候,需要按正交后的晶格尺寸计算最终的盒子尺寸。 --- 公众号:lammps加油站...
使用MS建模在LAMMPS建模中颇为重要，但转换至DATA文件过程中会遇到多种错误。MS模型转DATA文件流程分为两个步骤，首先是MS建模、设置力场并导出CAR文件，其次是MSI2LMP将CAR文件转至DATA文件。任一环节出现错误将阻碍DATA文件生成。forcite力场设置环节是最常见的出错点。forcite设置力场错误原因多样。首先，...
使用ms建模是lammps建模的一种重要方法,但是ms建模转换为data过程中经常会出现各种各样的错误。 ms模型转data文件流程分两部分 ,一是ms建模、forcite设置力场并导出car文件 ,二是msi2lmp将car转为data文件。 任何一个环节出错都会导致无法得到data文件,最容易出错的是forcite力场设置环节。 forcite力场设置出错原因有很...
随着Ovito的大更新进入3.0.0兼容各种DFT软件,以及反应力场(包括不限于Reax,MEAM,AIREBO,各种Tersoff,SW,Vashishta)的各种应用,我们几乎可以告别msi2lmp了,点点鼠标就可以把ms建的模搞成lammps的data文件。如果您使用的是需要预定义键键角二面角的pairwise力场(CHARMM,AMBER,OPLS等等),本文其实作用不大,您还得用msi2...
在MS建模后,需要使用msi2lmp把car类型的文件转为lammps data文件,具体的方法已经介绍过多次: lammps视频教程:Cu_H2O润湿模型建模方法 但是,有时候模型在ms中显示没有问题,但是转换为data文件后结构会发生变化。 如下图模型是在ms中建立的纳米流体的一个模型: ...
[转载]建模:MS为lammps建模[转] 不得不承认,lammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得远不如商业模拟软件。其中最为重要的部分就是model builder和visualizer。即使可以联用一些辅助软件,例如VMD,由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题,也是极为不方便(想必用过VMD显示lammps输出的朋友都有体会吧)。
建模可以用ms来建吗？学习了一下ms，建了一个粗粒度模型，头疼的是力场选择？？？ 在导成lammps的...
麻烦请问下大家lammps计算完后想导入进material studio里显示出来怎么操作啊？lammps的结果文件MS读不出来 ...
需要注意的是MS 8.0以上版本没有discover模块,可使用forcite模块。 (4)添加力场后,导出模型文件为H.car。 (5)使用lammps自带的转换工具,将H.car转换为H.data文件。使用的命令为: msi2lmp H -class I -frc cvff > data.h 1. 使用本方法也可以进行其它其它气体或者聚合物的建模,更多教程请关注微信公众号:lam...
MS的builder没得说,lammps也有附加工具“msi2lmp”支持把MS支持的文件格式转换为lammps可以使用的格式。其实名字叫msi2lmp,事实上你不能使用*.msi文件作为输入,而应该使用car/mdf组合。*.car文件记录了原子坐标,mdf文件记录了键接方式。使用MS为lammps建模的工作流程是: ...