【计算材料学-从算法原理到代码实现】视频教程 | 7.1_LAMMPS安装教程 stanfordbshan 3902 4 14:43 【计算材料学-从算法原理到代码实现】视频教程 | 7.12_Lindemann指数计算Pt纳米颗粒熔点 stanfordbshan 2246 0 24:48 【计算材料学-从算法原理到代码实现】视频教程 | 1.3.6_线性回归与最小二乘法 stan...
中的具体命令的实现,包括fix,compute,pair_style等。 compute命令是LAMMPS中一大类命令。今天从最简单的温度计算compute_temp入门,对这类命令的源码实现进行解析。我们的目的是拨开代码的表象,去了解LAMMPS中每个物理量计算的统计力学原理,这将有助于更深刻的了解你算的结果的物理意义及模拟过程中出现的问题。 注意即使...
return(vacf_output, pdos) ### Read the atomic velocity data from the lammps dump file # Noted that the atomic ID should be sorted, set "dump_modify dump_id sort id" in lammps input file v_all = np.zeros((num_frame, N, 3)) # Initialize the velocity data fin = open(fileName, ...
3回复贴,共1页 <<返回lammps吧lammps代算,代跑,vasp代跑 取消只看楼主 收藏 回复 285408861 活跃吧友 4 285408861 活跃吧友 4 1 冷酸灵123 初级粉丝 1 1 tjddtiw 初级粉丝 1 lammps吃cpu还是gpu啊 登录百度账号 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧...
有点困惑，其设置方式与Gromacs和Amber等程序设置略有不同。lammps的能量最小化命令是:...
在使用LAMMPS进行气体分子扩散模拟的过程中,我们首先需要设置合适的模型和条件。在气体分子扩散的模拟中,我们通常会选择适当的原子类型和交互作用模型,例如,使用Lennard-Jones势来描述分子间的相互作用。接下来,我们需要设置初始条件,这通常包括温度和压力等参数。运
在lammps 中,原子受到的力可以直接通过代码计算得到,这些力在不同方向上的分布可以提供材料内部的应力分布信息。 2. 应力张量计算 lammps 通过计算原子间相互作用力及其对应的距离,进而计算出应力张量,从而得到材料在不同方向上的应力分布情况。 三、使用 lammps 应力分布计算代码的步骤 1. 数据准备 首先需要准备好材料...
本文将提供一个统一的Python代码示例，用于快速实现这个功能。具体操作中，假设你已经使用了"dump_modify"命令对LAMMPS轨迹文件进行了原子id排序。例如，对于DUT-49这种MOF材料，如果在平衡驰豫后，每0.5fs提取10ps的轨迹，共计20000帧，关联时间为1ps，进行18000次平均，你会得到相应的PDOS结果。参考文献...
利用materials studio建模，模型优化后导入lammps进行动力学模拟时，第一次NVT模拟时会出现以下警告：...
利用分子动力学模拟，声子态密度（Phonon Density of States，PDOS）可通过分析原子速度轨迹文件和速度自相关函数（VACF）的傅里叶变换来计算。在Python编程中，樊哲勇的GPUMD提供了高效计算PDOS的工具，但受限于力场适用性，LAMMPS有时仍是首选。本文将分享一个Python代码，实现LAMMPS原子速度轨迹文件处理以...