LACE-seq技术具有实验操作时间短、信噪比高、有效数据多、成本更加低廉等一系列优势，有效地解决了该领域难题以及现有实验方法的缺点。这些优势使得在珍稀的微量细胞，如早期生殖细胞、癌症干细胞、临床穿刺样本中研究RNA结合蛋白的调控、致病机理成为了可能。LACE-seq技术通过线性扩增逆转录酶在RNA结合蛋白结合位点处的终止...
那么,LACE-seq技术可以类比ChIP-seq,用来研究RNA结合蛋白 (RNA-binding protein, RBP) 在基因组范围内所绑定的RNA靶标。 目前,鉴定RBP靶标常用方法主要有RIP-seq和CLIP-seq,但是由于这两种方法均依赖于特异性抗体富集RBP,且需要百万数量级的细胞来制备文库。因此,限制了这些方法在稀有细胞类型及临床穿刺样本...
评估后发现LACE-seq可以敏感地捕获少量细胞中低表达的靶点,直接识别功能蛋白与RNA的相互作用。此外与几种基于CLIP的方法相比,LACE-seq在灵敏度、准确性、精密度和周期等方面均占优势。利用LACE-seq技术,可以在少量甚至单个的卵母细胞中识别Argonaute家族蛋白Ago2和Mili等的具体靶标。 LACE-seq方法原理图(图片引自文献...
研究者对数十个小鼠中期 II (MII) 卵母细胞分别进行多个 RBP 的 LACE-seq 靶基因分析,发现与 Ago2 共沉淀的 RNA 与阴性对照组(IgG 组)、Ptbp1 组有显著差异,但与 Mili (属于 Argonaute 蛋白家族)共沉淀的 RNA 相似;进一步研究发现, Ago2/endo-siRNA 沉默复合物在卵细胞中以非完全互补配对的方式抑制 mRNA...
Laceseq的原理可以简单地分为三个步骤:DNA条形码设计、文库构建和测序分析。 DNA条形码的设计是Laceseq的关键步骤之一。DNA条形码是一段特定的DNA序列,通过它可以将不同样品中的DNA片段区分开来。设计DNA条形码时需要考虑到其长度、碱基组成和碱基序列等因素,以确保其在文库构建和测序过程中的可靠性和准确性。 接下来,...
为了建立这个方法,苏瑞宝认真细致的优化了每一个实验条件。在LACE-seq方法搭建完成之后,团队重点研究了RNA结合蛋白Ago2/endo-siRNA沉默复合物在小鼠MII时期卵细胞中的作用靶标,解析了Ago2/endo-siRNA复合体在卵细胞中调控mRNA翻译以及抑制转座子介导的嵌合体转录本生成等一系列新机制和新规律。
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LACE-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435933,属于分类,想要查询更多关于LACE-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
LACE-seq方法可在微量细胞中准确鉴定PTBP1的结合靶标 利用创建的LACE-seq方法,研究团队取得如下研究成果:1. 首次在卵细胞中绘制了Ddx4、Ptbp1、Ago2和Mili等RBP的具体靶标和结合位置;2.率先发现Ago2/endo-siRNA沉默复合物在卵细胞中以非完全互补配对的方式抑制mRNA的翻译,并证明endo-siRNA的靶标Bub3、Chk1、Nuf...
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