研究者对数十个小鼠中期 II (MII) 卵母细胞分别进行多个 RBP 的 LACE-seq 靶基因分析,发现与 Ago2 共沉淀的 RNA 与阴性对照组(IgG 组)、Ptbp1 组有显著差异,但与 Mili (属于 Argonaute 蛋白家族)共沉淀的 RNA 相似;进一步研究发现, Ago2/endo-siRNA 沉默复合物在卵细胞中以非完全互补配对的方式抑制 mRNA...
6月10日，中国科学院生物物理研究所研究员薛愿超团队与合作者开发了可在微量细胞中鉴定RNA结合蛋白作用靶点的新技术LACE-seq，首次实现了在单碱基分辨率和单细胞层面精准鉴定RNA结合蛋白的结合位点，为研究RNA结合蛋白在胚胎发育和生殖疾病中的功能机制打开了大门。相关研究成果发表在《自然-细胞生物》。寻觅工具 人类基因...
Laceseq的原理可以简单地分为三个步骤:DNA条形码设计、文库构建和测序分析。 DNA条形码的设计是Laceseq的关键步骤之一。DNA条形码是一段特定的DNA序列,通过它可以将不同样品中的DNA片段区分开来。设计DNA条形码时需要考虑到其长度、碱基组成和碱基序列等因素,以确保其在文库构建和测序过程中的可靠性和准确性。 接下来,...
那么,LACE-seq技术可以类比ChIP-seq,用来研究RNA结合蛋白 (RNA-binding protein, RBP) 在基因组范围内所绑定的RNA靶标。 目前,鉴定RBP靶标常用方法主要有RIP-seq和CLIP-seq,但是由于这两种方法均依赖于特异性抗体富集RBP,且需要百万数量级的细胞来制备文库。因此,限制了这些方法在稀有细胞类型及临床穿刺样本...
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为了建立这个方法,苏瑞宝认真细致的优化了每一个实验条件。在LACE-seq方法搭建完成之后,团队重点研究了RNA结合蛋白Ago2/endo-siRNA沉默复合物在小鼠MII时期卵细胞中的作用靶标,解析了Ago2/endo-siRNA复合体在卵细胞中调控mRNA翻译以及抑制转座子介导的嵌合体转录本生成等一系列新机制和新规律。
LACE-seq方法可在微量细胞中准确鉴定PTBP1的结合靶标 利用创建的LACE-seq方法,研究团队取得如下研究成果:1. 首次在卵细胞中绘制了Ddx4、Ptbp1、Ago2和Mili等RBP的具体靶标和结合位置;2.率先发现Ago2/endo-siRNA沉默复合物在卵细胞中以非完全互补配对的方式抑制mRNA的翻译,并证明endo-siRNA的靶标Bub3、Chk1、Nuf...
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6月9日,中国科学院生物物理研究所薛愿超课题组在期刊《Nature Cell Biology》上发表了题为“Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq”的研究论文。该研究提出LACE-seq方法,可在微量细胞中鉴定RBP的作用靶点,首次实现了在单碱基分辨率和单细胞层面精准鉴定RBP的结合位点。该技术的提出为RBP...