kraken2 \--threads4\--quick \# 快速模式--paired \# 输入数据为双端模式--db path/to/db \# 数据库路径--report A1.kreport \# 输出,report文件--output A1.kraken \# 输出,reads注释结果path/to/A1_1.fq.gz \# 输入,fq1path/toA1_2.fq.gz# 输入,fq2 会生成一个output文件和一个report文...
kraken2 \--threads4\--quick \# 快速模式--paired \# 输入数据为双端模式--db path/to/db \# 数据库路径--report A1.kreport \# 输出,report文件--output A1.kraken \# 输出,reads注释结果path/to/A1_1.fq.gz \# 输入,fq1path/toA1_2.fq.gz# 输入,fq2 会生成一个output文件和一个report文...
ftp改https,改成: if (! ($full_path =~ s#^https://${qm_server}${qm_server_path}/##)) 如果报这个错: rsync: failed to connect to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (130.14.250.7): Connection refused (111) 就在kraken2-build --download-library bacteria --threads 12 --db ${GTDBTK_DB_PATH}加...
wget http://ccb.jhu.edu/data/eupathDB/dl/eupathDB_kraken2.tar.gz tar -xzvf eupathDB_kraken2.tar.gz kraken2 --db ~/database/minikraken2/minikraken_8GB_20200312 --threads 20 --report ./test.report --output ./test.output --paired ../SRR13188906_1.fastq ../SRR13188906_2.fastq br...
KRAKEN2_DB_PATH:设置默认数据库位置如:export KRAKEN2_DB_PATH="/home/user/my_kraken2_dbs:/data/kraken2_dbs:"就可以直接调用相应路径下的数据库,kraken2 --db mainDB sequences.fa 参考资料: 1.https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual ...
KRAKEN2_DB_PATH:设置默认数据库位置如:export KRAKEN2_DB_PATH="/home/user/my_kraken2_dbs:/data/kraken2_dbs:"就可以直接调用相应路径下的数据库,kraken2 --db mainDB sequences.fa 参考资料: 1.https://github.com/DerrickWood/kraken2/wiki/Manual ...
# 下载taxonomy文件 kraken2-build --download-taxonomy --db $DBNAME # 下载所需物种的参考基因组 kraken2-build --download-library bacteria --db $DBNAME # 构建数据库 kraken2-build --build --db $DBNAME 但是,常规做法是跑不通的,需要做如下修改 一、kraken2的rsync_from_ncbi.pl脚本需要做如下更改:...
usage: k2 inspect [-h] --db PATHNAME [--threads THREADS] [--skip-counts] [--use-mpa-style] [--report-zero-counts] [--log FILENAME] [--output FILENAME] [--memory-mapping] optional arguments: -h, --help show this help message and exit ...
# 物种分类DBNAME=16S_Greengenes_k2db/SAMPLE="s5630696"THREADS=8kraken2 \--db ${DBNAME}\--threads ${THREADS}\--report ${SAMPLE}.kreport2 \--paired ${SAMPLE}_1.fastq ${SAMPLE}_2.fastq>${SAMPLE}.kraken2 # 获得相对丰度 bracken-d ${DBNAME}-r150-lG-i ${SAMPLE}.kreport2-o ${SAM...
DBNAME=~/db/kraken2/201127mkdir -p $DBNAME# 可调线程数据,加速构建过程kraken2-build --standard --threads 24 --db $DBNAME 此步下载数据>50GB,下载速度由网络决定。索引时间4小时33分,多线程最快35min完成 标准模式下只下载5种数据库:古菌archaea、细菌bacteria、人类human、载体UniVec_Core、病毒viral...