2,三步绘制一张气泡图 3,绘制一张多分类气泡图 气泡图常见问题 三、与其他在线作图网站相比,我们的气泡图优势 四、微生信简介 在做完转录组(芯片,测序)的差异基因分析后,要进行这些基因的功能分析,一般我们会进行GO和KEGG pathway的富集分析(enrichment analysis),看看这些基因参与的功能和通路。 常见工具/网站 1,...
名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。 例如: 4维分析结果 做出来的例图如下(微生信平台免费在线做气泡图) 富集气泡图 该图包含的4维信息有: Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列) X轴的富集倍数(enrichment,结果表格的第二列) 点的颜色(P值,结果表格的第三列) 点的大小(count,该通路中包含...
分析结果包括pathway maps(位于out_map文件夹,如下图)、富集分析统计表格、作图数据以及样式丰富的各类图表。 比如常见的富集分析条形图、气泡图,如下。 还有非常受欢迎的富集圈图,如下图。 除了下载分析结果之外,我们还可以在我的项目页面点击预览按钮,查看kegg pathway富集网络图。在网络图编辑窗口中,我们可以对网络...
名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。 例如: 4维分析结果 做出来的例图如下 富集气泡图 该图包含的4维信息有: Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列) X轴的富集倍数(enrichment,结果表格的第二列) 点的颜色(P值,结果表格的第三列) 点的大小(count,该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因...
1、蛋白在KEGG Level3水平分布图如下（显示pvalue最小的20个通路）图片说明：横坐标为每条通路的log10 p值，纵坐标为不同通路名称，柱子上的数字为注释到该通路的差异代谢物数量，柱子不同颜色代表不同的KEGG Level1信息。2、KEGG分析气泡气泡图如下（显示Pvalue 最小的20个通路）图片说明：图中横坐标Enrichment ...
pr = pbubble + scale_color_gradient(low="blue",high = "red") #设置渐变色 pr = pr + labs(color=expression(-log10(Pvalue)),size="Count",x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment") pr + theme_bw() #绘制气泡图 ggsave("out.pdf")...
+labs(color=expression(Pvalue),size="Count",x="RichFactor",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")最后来解读下这张代谢通路富集分析气泡图，纵坐标为代谢通路名称，横坐标为富集因子即差异代谢物占该pathway中总代谢物的比例，Rich factor越大说明富集程度越大；气泡颜色由绿到红表示p-value依次降低；...
(color = "P value", size = "Count", x = "Ratio", y = "Term") + ggtitle("Top15 of pathway enrichment ") + # 添加题目 theme(axis.text.x = element_text(color = "black", size = 10), axis.text.y = element_text(color = "black", size = 10), plot.title = element_text(...
然后,我们可以使用seaborn库来绘制气泡图: plt.figure(figsize=(10,6))sns.scatterplot(x='Pathway',y='Count',size='P-value',data=df)plt.xlabel('KEGG Pathway')plt.ylabel('Gene Count')plt.title('KEGG Enrichment Bubble Chart')plt.show() ...
library(ggplot2)pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)head(pathway) 不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致,但是这几列几乎都会有。 二 绘制KEGG气泡图 2.1初始化数据并绘制散点图 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() ...