KEGG PATHWAY Databasewww.kegg.jp/kegg/pathway.html 在做KEGG功能注释后,我们需要知道标号后面对应的功能。KEGG实际上是提供此类标号与功能对应的文件的,但有时网站打不开,可能是我方法没找对,于是写了这个简单的爬虫。但最好还是去找KEGG网站提供的对应文件。 代码:import re # 正则模块
SMPDB为“小分子通路数据库(The Small Molecule Pathway Database)”的缩写,包含了30,000多条仅在人类中发现的小分子通路。这些通路中的大多数在其他通路数据库中找不到。SMPDB专门设计用于支持代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的通路阐明和通路发现。 3) MetaCyc: https://metacyc.org/ MetaCyc...
1. 进入KEGG Pathway Database后,如下图1所示,在当前页面是没有KEGG代谢数据库的按钮,我们需要点开标题栏中的Menu按钮,点开后如图1中红色虚线方框中点击COMPOUND按钮就可以进入到KEGG代谢数据库了。 图1 KEGGPathway Database 2. 进入代谢数据库后,其首界面如图1的下面黑色方框中所示。在搜索代谢物后面的方框中输...
网页左边是KEGG自身拥有的一些基因表达数据集KEGG EXPRESSION Database。网页的右边KegArray就是要进行芯片分析的工具了。在KEGG EXPRESSION下面,点击“list of experimental data available”,就打开了KEGG中的基因芯片数据,见下图:这是芯片数据的一个目录层次,箭头向右和向下分别表示收起和展开数据。我们以上图中的第一...
第三种,查看数据库中的某几条记录,使用数据库中的标识符进行查找,多个标识符用+链接,最多1个URL 中允许查找10个 http://rest.kegg.jp/list/dbentries dbentries = Entries of the following database database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | re...
网页左边是KEGG自身拥有的一些基因表达数据集 KEGG EXPRESSION Database。网页的右边KegArray就是要进行芯片分析的工具了。在KEGG EXPRESSION 下面,点击“list of experimental data available”,就打开了KEGG中的基因芯片数据,见下图: 这是芯片数据的一个目录层次,箭头向右和向下分别表示收起和展开数据。我们以上图中的...
现在,KEGG 的通路数据库(PATHWAY database)中关于调节通路的部分和代谢通路相比 还相差较多。这是因为代谢通路,特别是中间代谢,在大部分生物(从哺乳动物到细菌)中都 是保守的。这样就可以徒手画出一条参考通路,然后用计算机构建出许多生物体特异的通路 来。但是调节通路非常多样化,而且很难归为一个统一的参考通路图。
而KEGG,大多数听说过KEGG的人都会把它当做一个基因通路(Pathway)的数据库,其实人家的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG下属4个大类和17和子数据库,而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway,专门存储不同物种中基因通路的信息,也是用的最多的一个,所以,久而久之,KEGG就...
pathway 在 KEGG 上找有关氨基酸代谢的代谢图 首 先打开 KEGG PATHWAY 找到 Amino Acid Metabolism 然后找相应的氨基酸代谢途径就可以 了 如点击 Glutamate metabolism 就进入了其代谢图 我们可以点击 Pathway entry 获得 更多的信息 六 展望 现在 KEGG 的通路数据库 PATHWAY database 中关于调节通路的部分和代谢通路...
KEGG GENOME Database (基因组数据库); KEGG LIGAND Database (配体数据库); KEGG EXPRESSION Database (基因芯片数据库) KEGG数据库 KEGG PATHWAY Database KEGG网站链接: KEGG数据库 KEGG PATHWAY Database KEGG数据库——KEGG PATHWAY Database KEGG数据库——KEGG PATHWAY Database KEGG数据库...