在KEGG 富集分析中，一般建议查看矫正后的 p 值（如FDR等），而不是未经过矫正的原始 p 值。因为在...
如果使用校正后的p值，阈值可以适当放宽一点，尤其是富集到了感兴趣的通路而且排序还很靠前。除了p值...
进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。我基本采用基于R的Clusterprofiler包。该包抓取最新的KEGG数据进行计算,保证富集结果的可靠性。另外,该包还可以对富集结果进行比较并可视化具体参数设置为:p-value cutoff=0.01,q-value cutoff=0.05,p值矫正方法为BH(即把每个p-value进行矫正,...
KEGG官网样式的通路图是一幅线框图,即由点和线构成的,其中红色基因上调,绿色基因下调。点和线构成的分子间的关系类型,比如蛋白-蛋白互作包含大量磷酸化(+p)和去磷酸化(-p)的过程等等。 2. 条形图代码 该条形图展示的是富集在每个Term的基因数目。Term可以是GO或者通路名称等等。FDR是矫正后的pֵ值。 输入数...
pvalue/p.adjust/qvalues:p值/矫正后p值/FDR值 rank:在基因集中对ES分数贡献最大的核心基因在genelist排序中的位置(按照log2fc从大到小的排序) leading_edge:三个指标的含义(如下) tag:核心基因在该基因集基因总数的占比 list:核心基因在所有基因总数的占比 ...
相信大家对GO和KEGG富集分析并不陌生,有时候富集分析会得到很多显著的结果。全部展示,版面不够。但是如果只展示前几个显著的GO条目或者KEGG通路的话,跟自己研究的对象相关的又不在里面。 今天小编就来帮助大家解决这个尴尬的问题,把我们感兴趣的GO条目和KEGG通路挑出来,然后再来画图。有人可能要抬杠了,这不是伪造数据...
DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。 DAVID目前的工具可以实现以下功能 ...
第六步、数据处理,我们把FDR(矫正后P值)小于0.05的筛选出来,并用来以后作图投文章。 这样,我们就知道这些基因可能通过哪些过程发挥作用啦,并且知道这些基因可能是受到哪些转录因子调控的。 是不是很简单?那么,完整步骤在哪里呢?我们制作了完整的操作步骤,免费发送给大家...
GeneRatio:差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值 BgRation:所有( bg)基因中与该ID相关的基因数与所有( bg)基因的比值 pvalue: 富集分析统计学显著水平,一般情况下, P-value < 0.05 该功能为富集项 p.adjust 矫正后的P-Value qvalue:对p值进行统计学检验的q值...
#barplotbarplot(ego,showCategory=10)#默认展示显著富集的top10个,即p.adjust最小的10个 #dotplotdotplot(ego,showCategory=10)#DAG有向无环图plotGOgraph(ego)#矩形代表富集到的top10个GOterms,颜色从黄色过滤到红色,对应p值从大到小。 #igraph布局的DAGgoplot(ego)#GOterms关系网络图(通过差异基因关联)ema...