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在 KEGG富集分析中，一般建议查看矫正后的 p 值（如 FDR 等），而不是未经过矫正的原始 p 值。因为...
#将genelist按照log2FC值从高到低进行排序: genelist<- sort(genelist,decreasing = T) head(genelist) #GSEA_KEGG富集分析: KEGG_ges<- gseKEGG( geneList= genelist, organism="hsa",#不同物种选择可官方查询:https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html minGSSize= 10, maxGSSize= 500, pv...
P值矫正(BH) p_adjust = statsr.p_adjust(FloatVector(pvaluelist), method = 'BH') #P value adjustment 输出: diclist=list(dicquerygonum.keys())fori inrange(len(list(dicquerygonum.keys())):name=diclist[i]oa=dicquerygonum[diclist[i]]ob=mapnum oc=dicgonum[diclist[i]]od=totalgen...
(gene=covID$ENTREZID,# 基因列表文件中的基因名organism='bta',# 指定物种,牛为btakeyType='kegg',# kegg富集pAdjustMethod='BH',# 指定矫正方法pvalueCutoff=1,# 指定p值阈值,不显著的值将不显示在结果中qvalueCutoff=1)# 指定q值阈值,不显著的值将不显示在结果中#输出结果write.table(enrich_kegg@...
1. 其实也很简单。首先删掉你报错的这个clusterProfiler包。删除的方法可以用remove.packages()这个函数,跟install.packages()是相反的操作。 也可以直接到你R的安装路径下面,找到library这个文件夹,然后找到clusterProfiler文件夹,全部删掉。 2. 接下来到下面这个网址,去下载clusterProfiler的安装包 ...
plotGOgraph(ego) #矩形代表富集到的top10个GO terms, 颜色从黄色过滤到红色,对应p值从大到小。 #igraph布局的DAG goplot(ego) #GO terms关系网络图(通过差异基因关联) emapplot(ego, showCategory = 30) #GO term与差异基因关系网络图 cnetplot(ego, showCategory = 5) ...
气泡图的制作相当复杂,如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果,也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。
它的使用方法简单: STEP1 用户将感兴趣的基因集合粘贴到列表框中或者上传基因结合文件,文件的格式为每行一个基因,或基因间用逗号隔开。 STEP2 选择标识符,从下拉列表中选择上传的基因的标示符,如gene_symbol STEP3 选择上传基因的类型,是背景基因结合还是要做功能富集的基因结合 ...
pvalueCutoff=0.05, verbose=FALSE) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. GSEA分析通过置换检验来计算p值,nPerm指定置换次数。 对于这19个物种之外的其他物种,也支持读取基因的GO注释文件,然后进行分析,注释文件的格式如下 只需要3列信息即可,第一列为geneID, 第二列为基因对应的GO编号,第三...