除了通路图条数的增加很重要以外,更加重要的是通路上新增物质数的多少,因为如果通路图条数很多,但是各条通路图之间的交集也非常多的话,利用起来也是非常有限的,截至到目前为止,MetMap在KEGG现有通路物质的基础上新增超过1800种物质,占2024年KEGG通路物质数量的比例超过28%,是KEGG数据库2023年新增物质数的15倍以上。
除了通路图条数的增加很重要以外,更加重要的是通路上新增物质数的多少,因为如果通路图条数很多,但是各条通路图之间的交集也非常多的话,利用起来也是非常有限的,截至到目前为止,MetMap在KEGG现有通路物质的基础上新增超过1800种物质,占2024年KEGG通路物质数量的比例超过28%,是KEGG数据库2023年新增物质数的15倍以上。
除了通路图条数的增加很重要以外,更加重要的是通路上新增物质数的多少,因为如果通路图条数很多,但是各条通路图之间的交集也非常多的话,利用起来也是非常有限的,截至到目前为止,MetMap在KEGG现有通路物质的基础上新增超过1800种物质,占2024年KEGG通路物质数量的比例超过28%,是KEGG数据库2023年新增物质数的15倍以上。
Entry、Symbol、Name为基本信息;Pathway表示相关的map通路,点击map号可显示对应通路图;Module表示包含这个KO条目的KEGG模块,点击链接后在模块map中相应的KO矩形会被标记为红色;Brite代表了遵循KEGG通路层次结构的KO系统的分级分类,以及BRITE数据库中的其他分类;Other DBs链接到KEGG REACTION,以及COG,GO和其他分类系统;Genes...
在KEGG数据库中,以转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路为例,pathway的表现方式有以下几种: 一种表现形式是map,map通路图都是白色的背景,黑色的字体,没有其他颜色填充,是每一个信号通路图最原始最独立也是最完整的一种表现形式。左上角写...
http://www.genome.jp/KEGG-bin/show_pathway?map00010 2 species-specificpathway 物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如人的糖酵解通路图,hsa00010。如图: http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?hsa00010 ...
在KEGG数据库中,以转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路为例,pathway的表现方式有以下几种: 一种表现形式是map,map通路图都是白色的背景,黑色的字体,没有其他颜色填充,是每一个信号通路图最原始最独立也是最完整的一种表现形式。左上角写着通路的名字,每一个矩形方框代表通路上的具体...
在KEGG数据库中,我们以TGF-β信号通路为例,pathway的表现方式有以下几种: 一种表现形式是map,map通路图都是白色的背景,黑色的字体,没有其他颜色填充,是每一个信号通路图最原始最独立也是最完整的一种表现形式。左上角写着通路的名字,每一个矩形方框代表通路上的具体的某个基因,可以点击方框进入其他界面具体查询...
接下来,跟大家介绍如何在KEGG数据库中查询信号通路?在KEGG数据库中,我们以TGF-β信号通路为例,pathway的表现方式有以下几种: 一种表现形式是map,map通路图都是白色的背景,黑色的字体,没有其他颜色填充,是每一个信号通路图最原始最独立也是最完整的一种表现形式。左上角写着通路的名字,每一个矩形方框代表通路上的...
KEGG pathway mapKEGG moduleKEGG MapperGenome annotationPathway analysisEC numberKEGG is an integrated database resource for linking sequences to biological functions from molecular to higher levels. Knowledge on molecular functions is stored in the KO (KEGG Orthology) database, while cellular- and ...