数据准备:以6个人的转录组数据为例,我们感兴趣的是某一分组中与MAPK signaling pathway有关的基因,于是我们从该组差异基因列表中筛选出目标基因及FPKM值,如下表。 Pathview数据文件格式需以tab或者逗号分隔的txt或者csv文件,EXCEL数据可以通过另存为(制表符分隔)TXT文件格式或者CSV(逗号分隔)文件。 数据提交与选项设置...
数据准备: 以6个人的转录组数据为例,我们感兴趣的是某一分组中与MAPK signaling pathway有关的基因,于是我们从该组差异基因列表中筛选出目标基因及FPKM值,如下表。 Pathview数据文件格式需以tab或者逗号分隔的txt或者csv文件,EXCEL数据可以通过另存为(制表符分隔...
Jak-STAT signaling pathway MAPK signaling pathway mTOR signaling pathway Notch signaling pathway PI3K-Akt signaling pathway TGF-beta signaling pathway Wnt signaling pathway 按照研究领域来分(后面会进一步详细讲解): Cancer Calcium signaling pathway cAMP signaling pathway Chemokine signaling pathway ErbB signaling...
我们以6个人的转录组数据为例,我感兴趣的是某一分组中与MAPK signaling pathway有关的基因,于是我从该组差异基因列表中筛选出目标基因及FPKM值整理如下表。 Pathview数据文件格式都是以tab或者逗号分隔的txt或者csv文件,EXCEL数据可以通过另存为(制表符分隔)TXT文件格式,如下: 数据提交与选项设置: 如下图:点击New ...
以小鼠MAPK signaling pathway为例,该通路的id为mmu04010。要将感兴趣的基因或者化合物标注颜色,我们可以直接在KEGG网站进行操作。 1.打开通路对应的pathway图链接 https://www.genome.jp/pathway/mmu04010 其中左侧是功能区,用来搜索,上色等。 右侧为pathway图,网页版时该图为交互式的,即鼠标放在某元素上,会弹出相...
以小鼠MAPK signaling pathway为例,该通路的id为mmu04010。要将感兴趣的基因或者化合物标注颜色,我们可以直接在KEGG网站进行操作。 1,打开通路对应的pathway图链接 https://www.genome.jp/pathway/mmu04010 其中左侧是功能区,用来搜索,上色等。 右侧为pathway图,网页版时该图为交互式的,即鼠标放在某元素上,会弹出相...
Ras以及Raf活化本身是Ras signaling pathway(ko04014)核心步骤。如果关心这个过程中的相关调控,可以单独查询这个通路。 (b)MEK(MAPKK)与ERK(MAPK)的活化 活化的Raf激酶会磷酸化MEK的218位和222位的丝氨酸。活化的MEK会磷酸化ERK1/ERK2的183位的苏氨酸和185位的酪氨酸,形成双磷酸化完成活化。
可以看到在“MAPK signaling pathway”有三个绿色基因被富集其中,表示3个下调显著的基因参与该过程。 案例2 具备基因的表达水平,适合Pathview来处理 下表是保存了不同的样本的基因表达数据 在Pathview中 上传数据,即可获取富集的通路图 以RasGRP(RASGRP4)为例,在Pathview结果图中如下图所示 ...
以小鼠MAPK signaling pathway为例,该通路的id为mmu04010。要将感兴趣的基因或者化合物标注颜色,我们可以直接在KEGG网站进行操作。 1,打开通路对应的pathway图链接 https://www.genome.jp/pathway/mmu04010 其中左侧是功能区,用来搜索,上色等。 右侧为pathway图,网页版时该图为交互式的,即鼠标放在某元素上,会弹出相...
如果对71个通路按照A级别进行分类,可以看到最大的一类是Human Diseases,可见PI3K-AKT与大量人类疾病相关。其次是Environmental Information processing,一共涉及18个通路,全部都是信号传导相关的(表1),其中包括MAPK signaling pathway,Ras signaling pathway,AMPK signaling pathway等在文章里我们反复见到的通路。