不过这里要按一定的格式(org:gene)输入要查找的目的基因,比如它给出的示例:syn表示物中,ssr3451表示基因ID,查找出来的基因名称是psbE。其实我试了一下,若直接检索基因名称(而不是KEGG中的基因ID)syn:psbE也是一样的。因为我不知道KEGG中基因ID如何编制的,但是,我同时也不知道基因的名称是如何定义的。比如果糖1...
首先需要访问KEGG的官网,获取其hsa编号,如PI3K-Akt signaling pathway对应hsa04151. 访问如下网址(更改对应物种、编号即可),这将返回该通路涉及的所有人类基因(hsaXXXXX)。KEGGhsa:XXXXX这个编号通常是NCBI Entrez Gene ID,即NCBI 基因数据库中的唯一基因编号。将网页内容复制到本地。再将Entrez Gene ID转化成基因名...
不过这里要按一定的格式(org:gene)输入要查找的目的基因,比如它给出的示例:syn表示物中,ssr3451表示基因ID,查找出来的基因名称是psbE。其实我试了一下,若直接检索基因名称(而不是KEGG中的基因ID)syn:psbE也是一样的。因为我不知道KEGG中基因ID如何编制的,但是,我同时也不知道基因的名称是如何定义的。比如果糖1...
下面就首先来讲一下KEGG orthology。任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。就进入了Ortholog...
有哪位大侠知道怎样通过基因名字批量查KEGG号？[Last edited by tyy0321 on 2013-4-7 at 15:20]...
有哪位大侠知道怎样通过基因名字批量查KEGG号？[Last edited by tyy0321 on 2013-4-7 at 15:20]...
点击查到的每一条记录会在图上高亮显示,点击右侧的加号,会将该条记录的ID添加到CONTROLS窗口的Element selections输入框中,便于进一步个性化绘制目标通路。这里的Type包括Compounds、Pathways、Orthologous groups(OG)、Modules、Enzymes和Reactions六种类型。 此外,如果搜到的记录非常多,可在Filter输入框中再次添加关键词,...
利用上面的这些文件,其实我们就可以进行KEGG Pathway功能注释了,即存在这样的关系:蛋白——序列ID(基因)——K号——ko(pathway)——Level1-3——通路图。这样得到的通路图,都是map开头,即reference pathway;如果是物种特异通路,即ko开头,则用komap目录结果。KEGG的5种通路类型等基础知识这里不讲,不懂可去查。
geneNames=eg2name[match(geneIds,eg2name$gene_id),'gene_name'] geneAlias=sapply(geneIds,function(x){ifelse(is.null(eg2alis_list[[x]]),"no_alias",eg2alis_list[[x]])}) 借助于org.Hs.eg.db包,我们已经拿到了全部的人类全部基因的全名和别名,就是如下所示的4个变量: ...
K+num:基因ID号,表示在所有同源物种中具有相似结构或功能的一类同源蛋白 ko+num: 代谢通路名称,表示一个特定的生物路径 M+ num: 模块名称 C+ num: 化合物名称 E-,-,-,-: 酶名称 R + num : 反应名 RC+ num : 反映类型 RP+num: 反应物对 除了查看单个基因、代谢物的功能以外, 我们往往会拿到若干个...