北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd.简称BTP)从事以生物质谱为依托的生物药物表征,大分子物质(包括蛋白质、多肽、代谢物)质谱分析以及小分子物质检测服务。公司采用ISO9001质量控制体系,专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务,业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药...
Class II:二级分类名 Class III:三级分类名 Class III pathway genes:三级分类基因 Class III gene count:三级分类基因数 Class II pathway genes:二级分类基因 Class II gene count:二级分类基因数
(dt1$KEGG_B_Class)), ordered = TRUE) # 加载ggplot2包; library(ggplot2) #建立数据(Genes.Number, KEGG_B_Class)与图形(点)的映射关系,即确定点的(x,y)坐标,绘制散点图; p1<-ggplot(dt1, aes(x=Genes_Number, y=KEGG_B_Class, fill=KEGG_A_Class,na.rm = FALSE))+ geom_bar(stat="...
1,打开绘图页面 http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_pathway_enrichment_second_class_summary_bar_plot_206 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据(仅供参考)包括两列: 第1列:富集的pathway通路名字; 第2列:映射到该通路的基因列表,以/分割 3,输入检查 Ctrl+A选中示例...
facet_grid(category~.,space="free_y",scales="free_y")g_keggggsave(g_kegg,width=16,height=16,filename='KEGG_barplot_class.pdf') 结果如下:
http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_pathway_enrichment_second_class_summary_bar_plot_206 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据(仅供参考)包括两列: 第1列:富集的pathway通路名字; 第2列:映射到该通路的基因列表,以/分割 ...
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## 复制p2 <- p1## 获取配色g <- ggplot_build(p2)mycol <- g$data[[1]]["fill"]col <- rev(mycol$fill)## 将Aclass对应的颜色改为黑色num <- rev(kegg_bar$Count)index <- which(num == 0)col[index] <- "grey10"## 自定义主题my_theme <- theme_bw()+theme(plot.title = element...