否则KaKs_Calculator3 计算缓慢,只要比对上区域一致性100%都会导致计算缓慢(速度可以相差200x),且重复的序列间本身不存在替换无结果,最终的ka,ks均为NA,因此cd-hit聚类时不需要限定覆盖度参数(-aL 1, -aS 1)
可见,不论去不去除 gaps ,得到的结果都是一样的,说明 KaKs Calculator 会自动去除 gaps 。 2 双序列比对、多序列比对 双序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 多序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 可见,双序列比对和多序列比对,得到的结果基本一致,说明先进行多序列比对后进行 KaKs 值计算,或双序列比对后...
解压出来以后分别用到src目录下的 AXTConvertor 程序和bin/Linux目录下的 KaKs_Calculator 程序,使用之前使用 chmod u+x AXTConvertor chmod u+x KaKs_Calculator 赋予文件可执行权限 之后用 AXTConvertor 程序将比对结果文件转化为axt文件 ./src/AXTConvertor ccsA_aligned.aln ccsA.axt 然后用 KaKs_Calculator 计算 ...
可见,不论去不去除 gaps ,得到的结果都是一样的,说明 KaKs Calculator 会自动去除 gaps 。 2双序列比对、多序列比对 双序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 多序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 可见,双序列比对和多序列比对,得到的结果基本一致,说明先进行多序列比对后进行 KaKs 值计算,或双序列比对后再...
Toward this end, here we present KaKs_Calculator 3.0, an updated toolkit for calculating selective pressure on both coding and non-coding sequences. Compared with previous versions [17], [18] that focus solely on coding sequences, we implement an algorithm in KaKs_Calculator 3.0 that employs ...
这里将他们提取成基因对,而不是多条序列进行计算的原因是,KaKs_Calculator这个软件在处理多序列的输入文件时,会报错:Error. The size of two sequences in 'gene1&gene2' is not equal。我尝试了很多遍,发现只能提取成基因对才不会报这种错误。当然,偶尔运气好的时候,KaKs_Calculator是能处理多序列的kaks值的,...
具体来说，使用KaKs_Calculator2.0 做ka/ks的大致过程分以下几步 1选择每个物种相同数目的cds编码区，每个物种的cds应首先去除终止子，然后按照相同的基因顺序联合拼接 拼接过程要注意数目始终为3的倍数。2 导出每个物种cds拼接序列翻译的对应氨基酸序列 3 制作一一对应的两两比较序列名称表 4 使用KaKs_...
KaKs Calculator best-fit model for calculating Ka and Ks, we average the parameters across the candidate models to include as many features as needed since the true model is seldom one of the candidate models in practice (8). Finally, these considerations are incorporated into a software package...
KaKs_Calculator 2.0:A Toolkit Incorporating Gamma-Series Methods and Sliding Window Strategies[J]. Dapeng Wang1,3,Yubin Zhang1,2,3,Zhang Zhang4,Jiang Zhu1,3,and Jun Yu1,2 1CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information,Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences,Beijing ...
KaKs_Calculator3的下载地址为：ngdc.cncb.ac.cn/biocode...解压后，需要添加环境变量 安装ParaAT ParaAT的下载地址为：ngdc.cncb.ac.cn/biocode...ParaAT是一个整合工具，可以调用比对工具和KaKs ParaAT.pl脚本较老，没有更新到适应KaKs_Calculator3，并且在使用muscle作为比对软件时需要muscle3，muscle ...