2、使用KaKs_Calculator3 计算前需要使用cd-hit(参数:cd-hit -c 1 -d 0 )将同源簇中的基因去重,否则KaKs_Calculator3 计算缓慢,只要比对上区域一致性100%都会导致计算缓慢(速度可以相差200x),且重复的序列间本身不存在替换无结果,最终的ka,ks均为NA,因此cd-hit聚类时不需要限定覆盖度参数(-aL 1, -aS 1...
答案：KaKs Calculator具备自动去除终止密码子和gaps的功能。实验证明，无论是否手动去除这些元素，软件都能得到相同的结果。双序列比对与多序列比对的影响：答案：双序列比对与多序列比对后得到的KaKs值相近，表明比对方式对结果影响不大。用户可根据实际情况选择最适合的比对方式。不同计算方法对KaKs值的影响...
可见,不论去不去除 gaps ,得到的结果都是一样的,说明 KaKs Calculator 会自动去除 gaps 。 2双序列比对、多序列比对 双序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 多序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 可见,双序列比对和多序列比对,得到的结果基本一致,说明先进行多序列比对后进行 KaKs 值计算,或双序列比对后再...
首先，关于终止密码子和gaps的处理，我们测试了软件是否能够自动去除这些元素。实验证明，无论是否去除终止密码子或gaps，KaKs Calculator都能得到相同的结果，这表明软件具备自动去除终止密码子和gaps的功能。接着，我们对比了双序列比对与多序列比对对KaKs值的影响。结果显示，双序列与多序列比对后得到的KaKs...
KaKs_Calculatoradopts model selection and model averaging to calculate nonsynonymous (Ka) and synonymous (Ks) substitution rates, attempting to includ
MethodKaKs Calculator: Calculating Ka and Ks Through Model Selectionand Model AveragingZhang Zhang 1,2,3# , Jun Li 2# , Xiao-Qian Zhao 2,3 , Jun Wang 1,2,4 , Gane Ka-Shu Wong 2,4,5 , and Jun Yu 1,2,4 *1 Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing...
可见,不论去不去除 gaps ,得到的结果都是一样的,说明 KaKs Calculator 会自动去除 gaps 。 2 双序列比对、多序列比对 双序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 多序列比对后,进行的kaks计算,结果如下: 可见,双序列比对和多序列比对,得到的结果基本一致,说明先进行多序列比对后进行 KaKs 值计算,或双序列比对后...
其中paired_cds、paired_pep、aligned_cds、aligned_cds包含了提取的原始基因序列和对应的蛋白序列、以及各自对齐后的序列。KaKs_Calculator中包含了每个基因对计算的结果。文件名对应的文件夹中包含的是从该文件中提取的基因序列和蛋白序列。pep.blast文件是蛋白之间同源比对的结果。
Taken together, KaKs_Calculator 3.0 is effective in estimating natural selection on non-coding sequences, which has the potential to reveal evolutionarily selective pressures operated on diverse molecular sequences. Table 1. Estimates of selective pressure as well as substitution rates in human–mouse ...
ParaAT是中科院基因组所的张章教授课题组开发的工具,该工具可以批量并行的做基因对的比对,并把比对的结果转换成KaKs_Calculator需要的axt格式文件,对于大批量的基因对之间的kaks计算十分有用。 蛋白序列比对(可选比对软件 clustalw2 | t_coffee | mafft | muscle)。根据蛋白比对结果回译成codon对应的核酸比对结果(Ba...