2. 运行KaKs_Calculator 使用命令行工具或图形界面执行计算，Linux示例如下：KaKs_Calculator -i input.axt -o output.kaks -m [Method] -c [Genetic_Code]参数解释：参数解释：-i：输入AXT文件名 -o：输出结果文件名 -m：选择计算方法（默认为 MA 模型平均法，推荐 MYN 用于高替换
# 使用KaKs_Calculator计算kaks值, -m参数指定kaks值的计算方法为YN模型 for i in `ls *.axt`;do KaKs_Calculator -i $i -o ${i}.kaks -m YN;done # 将多行axt文件转换成单行 for i in `ls *.axt`;do axt2one-line.py $i ${i}.one-line;done # 使用calculate_4DTV_correction.pl脚本计算...
seqfile = xx.phylip treefile = xx.nwk 然后直接运行codeml即可
【PAML教程】利用codeml计算dN/dS_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibiliwww.bilibili.com/video/...