“糖基化位点kabat编号法”是一种编号方法,用于标注糖基化位点在抗体上的位置。该编号系统基于人源免疫球蛋白结构,以 Kabat 索引编号命名,从重链的第一个氨基酸开始,沿着铰链区、CH1、CH2和 CH3区依次排列。 在Kabat 编号系统中,糖基化位点位于重链的第297位的天冬酰胺残基处。每个糖基化位点的编号都与免疫球蛋...
换句话说,CDR-L1和CDR-H1中晶体结构中的相应残基(拓扑排列)在Kabat编号方案中不共享相同的编号。 图1 | 根据蛋白质数据库 (PDB) 结构 1igm 和 2imm 的轻链可变结构域的 Kabat 和 Chothia 编号方案,CDRL1 氨基酸插入位置。 (A) 根据 Kabat 或 Chothia 编号方案的 1igm 和 2imm CDR1L 的氨基酸序列。根据...
Kabat Numbering应该是在Eu Numbering的基础上结合更多的Ig序列进行了改善后的编号系统,也是迄今仍广为使用的抗体序列编号系统。 现在有几套抗体编号系统在并行使用,经典的Kabat,Chothia编号,IMGT编号;还有一些使用面较小的编号系统。 各编号系统的对比:http://www./IMGTScientificChart/#B 下图对比了抗体C domain的IMG...
是由于使用最常见的CDR序列长度,如Kabat编号方案,因此Chothia方案忽略了具有非常规长度的序列。然而,类似于Kabat编号方案,可以通过定义新的插入点来优化该系统。 2.3 Martin编号方案( Martin Numbering Scheme ) 在2008年发表的一项研究中,Martin等人重点关注非常规长度的不同框架区域的结构对齐: ...
现在有几套抗体编号系统在并行使用,经典的Kabat,Chothia编号,IMGT编号;还有一些使用面较小的编号系统。 各编号系统的对比:http://www.imgt.org/IMGTScientificChart/#B 下图对比了抗体C domain的IMGT、kabat及Eu编号:http://www.imgt.org/IMGTScientificChart/Numbering/Hu_IGHGnber.html 二、编号工具 2.1 MOE中操...