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代码和数据可用性 JCVI库可以通过GitHub访问:https://github.com/tanghaibao/jcvi,其中包含了有关用法和示例的详细文档。截至2024年5月,该库已获得693个star和179个fork,已经成为GitHub上最受欢迎的生物信息学库之一。该储存库在其存在的14年中一直得到积极维护,并解决了400多个社区问题。工具包的源代码可以在本地...
代码和数据可用性 JCVI库可以通过GitHub访问:https://github.com/tanghaibao/jcvi,其中包含了有关用法和示例的详细文档。截至2024年5月,该库已获得693个star和179个fork,已经成为GitHub上最受欢迎的生物信息学库之一。该储存库在其存在的14年中一直得到积极维护,并解决了400多个社区问题。工具包的源代码可以在本地...
https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) === 一、安装 ###last依赖包必须先安装conda create -n jcvi -c bioconda last jcvi###测试安装是否成功conda activate jcvi python -m jcvi.formats.fasta extract###遇到module缺失...
git clone git://http://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip install -e . 或者用pip pip install jcvi 个人推荐用第一种,somehow觉得更稳健一点 :p 第二步-安装LAST 如何集群上有LAST这个module的话,直接一键load即可-module load last/x86_64/809 ...
pip installgit+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git 1. 2. 3. pip可能会安装很慢。建议还是用conda,要快很多,最好新建环境。 conda install -c bioconda jcvi 1. 这时,你已经能使用命令,表面上安装成功了,实际上可能还缺少很多依赖。比如last,latex,dvipng等。否则在后面运行过程,可能遇到如下错误: ...
pip install jcvi##或开发版pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢。建议还是用conda,要快很多,最好新建环境。 condainstall-cbiocondajcvi 这时,你已经能使用命令,表面上安装成功了,实际上可能还缺少很多依赖。比如last,latex,dvipng等。否则在后面运行过程,可能遇到如下错误: ...
多个物种间的共线性分析、layout参数调整等，还有很多需要学习 。[1] https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) [2] https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/99 写完这篇文章，发现Python版的MCScanX有很多人已经写过了，那我就整理起来吧。
关于JCVI的使用,唐老师在github上已经有很详细的介绍,网络上也有很多教程。 JCVI依赖的东西非常多,因此在使用时还是难免遇到各种问题,以在使用Python JCVI,遇到FileNotFoundError为例,如何解决。 这个报错的原因是缺少这个字体。 分析:1. 在安装完程序后,重置环境变量 .bashrc 或者.bash_profile , 可以先重新启动终端...