点击External links选项卡下的外部数据库图标,可以链接到外部数据库相应转录因子(蛋白)的信息页面,比如点击UniPort数据库的图标,可以查看该转录因子的详细注释信息,如下。 2.得到已知转录因子的详细信息 点击搜索,在搜索框内查找关注的转录因子信息,可以检索转录因子名称,物种信息,转录因子ID,Uniprot ID ,或者其他关注信息。
即可得到预测到的与TP53基因启动子区域相结合的转录因子,转录因子后面的箭头表示转录方向,优先选择与基因转录方向一致的转录因子。当页面信息过多时,我们可以点击下方的Hide all隐藏,然后把JASPAR 2022 TFBs这个地方打开,刷新后就只显示了预测的转录因子,将无关信息全部隐藏了。当然后续有需要的话也可以手动打开。 转录...
JASPAR: An open-access database of transcription factor binding profiles(预测转录因子用) (1)转录因子的预测第一步:获取基因的启动子序列 在浏览器输入网址www.ncbi.nlm.nih.gov/,访问NCBI主页,选择Gene数据库,输入需要预测的基因名称,这里以PICSAR基因为例,点击“Search”按钮。 在检索结果列表里找到目标基因,...
如下是Jaspar主页面,左边是工具栏;中间显示的是数据库中收录的六大类生物,可点击查看每个大类中收集的数据总量;右侧是用户使用导航,第一次使用的用户可以点击JASPAR interactive tour,可跟随该导航一步步学习网站的使用方法。 3.检索TF 点击左侧工具栏中search,查找感兴趣的数据。可以通过TF名称或ID、物种、分类单元、...
JASPAR数据库包含的物种类群主要包括脊椎动物、昆虫、线虫、真菌、植物和尾索动物。JASPAR数据库可以做什么？1.查找某物种的所有转录因子 2.得到已知转录因子的详细信息 3.寻找已知转录因子结合的DNA motif位点 4.预测某个基因上是否存在特定转录因子的结合位点 5.预测靶基因启动子区域可能的转录因子 总结...
大家好，今天小果将深入解析JASPAR数据库，它专为预测转录因子DNA结合蛋白识别位点而设计。这个开源数据库包含了精心筛选的、非重复的转录因子（TF）结合模式，以位置频率矩阵（PFM）和TF模型（TFFM）的形式存储，分为六个类别，覆盖多种物种。最新的第九版JASPAR数据库在CORE系列中新增了341个配置文件，...
JASPAR数据库-预测转录因子结合位点 首先在首页搜索栏中搜索想要预测的基因,然后勾选,点击右侧购物车,将该基因加入购物车 第二步:在SCAN处输入将被结合的目的序列 第三步:出现结果
预测转录因子的策略通常涉及获取基因启动子序列，如在NCBI PubMed查找、UCSC Genome Browser预测，或利用JASPAR数据库。首先，从NCBI获取启动子序列，例如PICSAR基因，其在基因组的特定位置。然后，使用UCSC将JASPAR添加到浏览器中，搜索基因启动子区域的转录因子。JASPAR预测可能需要筛选和设置阈值，以获得最...
JASPAR: An open-access database of transcription factor binding profiles (预测转录因子用) (1)转录因子的预测第一步:获取基因的启动子序列 在浏览器输入网址www.ncbi.nlm.nih.gov/,访问NCBI主页,选择Gene数据库,输入需要预测的基因名称,这里以PICSAR基因为例,点击“Search”按钮。
总结来说,JASPAR可以查找转录因子的详细信息,也可以预测靶基因的转录因子结合位点。对于组学数据分析中找到目标靶基因又想去找转录因子的,这个数据库是一个非常好的方案。 参考文献: Fornes O , Castro-Mondragon J A , Khan A ,et al.JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor...