如果想了解你感兴趣的基因是否存在m7G RNA修饰,直接使用m7GHub查询,然后绘制3种方法的venn图。 图3. 三种方法交集 iRNA-m7G预测 同时,为了更进一步的进行评估,我们可以引入第三方软件iRNA-m7G进行对上述获得的序列进行评估预测。打开iRNA-m7G网站(图4),点击导航栏的“WEB SERVER”,输入待预测序列,提交即可(图5)。
2)m7G-miCLIP-seq结合anti-m7G抗体免疫沉淀富集和紫外交联,可以获得约30 bp的分辨率,如果结合motif分析,甚至能获得单碱基分辨率。 3)m7G-seq技术通过利用m7G位点在逆转录期间的错误插入(misincorporation)可以获得单碱基分辨率的m7G位点; 4)AlkAniline-Seq利用碱水解、脱磷、苯胺裂解等化学法在单碱基分辨率上检测m7G位点。
如果想了解你感兴趣的基因是否存在m7G RNA修饰,直接使用m7GHub查询,然后绘制3种方法的venn图。 图3. 三种方法交集 iRNA-m7G预测 同时,为了更进一步的进行评估,我们可以引入第三方软件iRNA-m7G进行对上述获得的序列进行评估预测。打开iRNA-m7G网站(图4),点击导航栏的“WEB SERVER”,输入待预测序列,提交即可(图5)。
4)m7GDiseaseDB:导致m7G位点获得或者缺失的疾病相关遗传变异数据库 图2. m7GHub数据库 该数据库收集了69159个m7G位点。由于m7G-MeRIP-seq和m7G-miCLIP-seq方法不是单碱基的,可能存在误判,因此作者将m7G peak中的G(30 bp滑窗)包含进来,并使用m7Gfinder进一步预测评估其可靠性。 如果想了解你感兴趣的基因是否存在m...
iRNA-m7G预测 同时,为了更进一步的进行评估,我们可以引入第三方软件iRNA-m7G进行对上述获得的序列进行评估预测。打开iRNA-m7G网站(图4),点击导航栏的“WEB SERVER”,输入待预测序列,提交即可(图5)。同时,可以下载软件到本地进行批量预测。 图4.iRNA-m7G网站 ...