iqtree构建进化树的代码 iqtree2 -s pra.phy -T 24 -m GTR2+FO 这里为了加快运行速度,随便选择了一个模型,没有设置其他额外参数,如果是自己的真实数据,具体参数设置需要参考iqtree的文档。 ggtree展示进化树的代码 library(ggtree) tree<-read.tree("2024.data/20240123/fig1_pangenome/pra.phy.treefile") ...
3. 构建进化树 下载IQ-tree,可以开启多线程将比对好的序列计算出最佳的模型并自动建树。 docker pull staphb/iqtree docker run -v C:\Users\Desktop\Bioinformation:/scauclass -w /scauclass staphb/iqtree iqtree -s AtARFs.muscle.trimal.aln -m MFP -nt 2 -bb 5000 -bnni -pre AtARFs.muscle....
在构建进化树的过程中，基于4个基本假设，主要方法有三种：最大似然估计、贝叶斯方法和基于距离的算法。IQ-TREE2是基于最大似然估计的建树软件，能够高效地构建系统发生树。构建进化树的基本流程涉及多序列比对，通过比对后的结果，利用假设条件构建树形结构。使用IQ-TREE时，将输出三个文件，分别用于记录序...
进化树，又称系统发生树，是描绘物种间演化关系的关键工具。构建过程首先涉及多序列比对，基于四个基本假设，主要方法分为最大似然估计的建树。IQ-TREE 2就是采用这一方法的软件。在使用IQ-TREE时，关键步骤包括通过多序列比对生成数据，输出三个文件，其中模型选择尤为重要。IQ-TREE会检测所有模型，并提...
example.phy.treefile记录构建成的进化树的newick文本,这个应该是最重要的输出文件 example.phy.log主要用于给软件作者debug。 作者在文档里提到 从版本1.5.4开始,默认自动估算最优替代模型 这是一个非常机智的操作... IQ-tree运行过程会保存每一步成功运行的结果,或者说他是运行中断并从断点重新开始的。这个对于...
genelist.pep.fa.treefile #最终的树文件 进化树的可视化(figtree或ggtree) figtree是一个java程序,可直接在window上运行。导入文件,后续修修就可以了。 ggtree是Y叔的R包,比较复杂。 ggtree可视化iqtree的结果 setwd("e:/tree/") #BiocManager::install("ggtree") library("ggtree") library("phytools") libra...
IQtree,我最后还是打包了IQtree,用来构建ML树。不过需要明确一个事情,我打包他,是因为他本身就自带了最优替代模型判断(这个可能对于80%以上做生物学问题,又不接触进化相关知识的朋友来说,非常重要。。。因为可能很多人根本就不知道这一步的重要性)。
mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下：接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下：-b 指代的是bootstrap值，一般设置为1000。 接下来文件夹中会出现一堆文件，后缀为treefile的文件即最终的树文件。
iqtree构建进化树的代码 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 iqtree2-s pra.phy-T24-mGTR2+FO 这里为了加快运行速度,随便选择了一个模型,没有设置其他额外参数,如果是自己的真实数据,具体参数设置需要参考iqtree的文档。 ggtree展示进化树的代码 ...
bootstrap法常用的，尤其是ML法构建进化树上，分支可靠性检验方法。但是这个计算逻辑最大的问题在于，抽样重新跑，抽样再重新跑，不断重复，直到收敛或者是到指定的比如1000次。计算量大，耗时长。IQ-tree的作者团队在前述提出了一个快速的BS方法，最后整合到IQ-tree中。使用的方式是 注意到：在这些参数...