iqtree构建进化树的代码 iqtree2 -s pra.phy -T 24 -m GTR2+FO 这里为了加快运行速度,随便选择了一个模型,没有设置其他额外参数,如果是自己的真实数据,具体参数设置需要参考iqtree的文档。 ggtree展示进化树的代码 library(ggtree) tree<-read.tree("2024.data/20240123/fig1_pangenome/pra.phy.treefile") ...
3. 构建进化树 下载IQ-tree,可以开启多线程将比对好的序列计算出最佳的模型并自动建树。 docker pull staphb/iqtree docker run -v C:\Users\Desktop\Bioinformation:/scauclass -w /scauclass staphb/iqtree iqtree -s AtARFs.muscle.trimal.aln -m MFP -nt 2 -bb 5000 -bnni -pre AtARFs.muscle....
生物信息学入门必备技能之linux操作系统06~利用fasta格式蛋白序列构建进化树 3025 5 12:42 App 有参转录组数据处理流程—第一步:linux系统下安装anaconda3 5027 -- 13:29 App R语言ggplot2频率分布直方图的简单小例子 1512 -- 12:15 App 生物信息学入门必备技能之linux操作系统01~购买阿里云服务器获得一个用于...
在构建进化树时，编码类型的选择同样重要。IQ-TREE支持多种编码类型，以适应不同序列数据的需求。IQ-TREE还提供了Bootstrap值的输出，用于评估枝子的可信度。通常，UFBoot值在95%以上被视为可信。此外，IQ-TREE还提供了多种方法，如aBayes test、local bootstrap test和SH-aLRT等，用于评估枝子支持值...
进化树，又称系统发生树，是描绘物种间演化关系的关键工具。构建过程首先涉及多序列比对，基于四个基本假设，主要方法分为最大似然估计的建树。IQ-TREE 2就是采用这一方法的软件。在使用IQ-TREE时，关键步骤包括通过多序列比对生成数据，输出三个文件，其中模型选择尤为重要。IQ-TREE会检测所有模型，并...
接着，利用IQ-tree计算合适的建树方法和模型，实现自动建树，从而构建出更为可靠的系统进化树。具体操作流程如下：先决条件 首先，确保安装了docker软件，因为大多数关键工具都是基于Linux运行的，使用docker能更简便地进行操作。同时，准备好用于比对的序列。比对 常用的比对工具是MEGA-X，内置的clustalw和...
mafft可以用来进行快速的序列比对,因为其可以设置多线程。具体的命令行如下: 接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了,具体命令行如下: -b指代的是bootstra...
genelist.pep.fa.treefile #最终的树文件 进化树的可视化(figtree或ggtree) figtree是一个java程序,可直接在window上运行。导入文件,后续修修就可以了。 ggtree是Y叔的R包,比较复杂。 ggtree可视化iqtree的结果 setwd("e:/tree/") #BiocManager::install("ggtree") library("ggtree") library("phytools") libra...
IQtree,我最后还是打包了IQtree,用来构建ML树。不过需要明确一个事情,我打包他,是因为他本身就自带了最优替代模型判断(这个可能对于80%以上做生物学问题,又不接触进化相关知识的朋友来说,非常重要。。。因为可能很多人根本就不知道这一步的重要性)。
mafft可以用来进行快速的序列比对，因为其可以设置多线程。具体的命令行如下：接下来等着运算完就可以使用iqtree来建树了，具体命令行如下：-b 指代的是bootstrap值，一般设置为1000。 接下来文件夹中会出现一堆文件，后缀为treefile的文件即最终的树文件。