R包安装infercnv和rjags教程,于2024年9月21日上线。西瓜视频为您提供高清视频,画面清晰、播放流畅,看丰富、高质量视频就上西瓜视频。
导到R语言里处理 library("AnnoProbe") #读取从adata里导出的基因列表 data <- data.table::fread("gene_infor.csv") #注释 ann <- annoGene(data$gene_ids,ID_type = "ENSEMBL",species = "human") #选取 ann <- ann[,2:6] ###查看重复的基因 table(duplicated(ann$ENSEMBL)) #去掉重复的 ann ...
infercnvpy:Python版单细胞infercnv分析 我们之前介绍过R语言版本的infercnv分析(单细胞肿瘤inferCNV分析及可视化(详细注释版))。其实python也有相应的包进行cnv分析,优点是相比于R来说过,速度是快了不少。这一期就简单介绍下infercnvpy的使用,infercnvpy的算法参考了infercnv,但是可能还是有些区别,因为在最后的结果上不能...
文件写出 基本上来说,大家自己制作好表达矩阵,分组信息这两个R语言里面的数据框是没有问题的,比较麻烦的可能是基因信息文件。我这里给出一个我自己的解决方案: library(infercnv) expFile=system.file("extdata", "oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix.gz", package = "infercnv") geneFile=system...
在数据准备阶段，你需要annodata对象，可以来源于mtx文件，并提供每个基因的染色体位置信息，即基因所在的染色体、起始和结束位置。这些数据可转换为R语言处理，例如，gene_infor.csv文件应包含这些必要信息。一旦数据整理完成，主要使用分析函数.tl.infercnv()进行处理。关键参数包括:reference_cat: 用于CNV参考...
代码挺简单的,如果你的R语言还不错,很容易看懂,就是之前我们把单细胞已经分好群了,这个时候取全部的上皮细胞,以及部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞来一起运行inferCNV流程。 这个时候Fibroblasts和Endothelial_cells细胞是正常的二倍体细胞,而全部的上皮细胞里面就会根据CNV情况来区分成为恶性与否的肿瘤细胞。
如果遇到报错:relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object,那么要以./configure --with-blas=/xxx --with-lapack=/xxx这种形式指定LAPACK库地址,编译时会增加-fPIC参数。 或者简单的解决方案: 在系统/usr/lib64目录中,发现:libblas.so.3.8.0,liblapack.so.3....
代码挺简单的,如果你的R语言还不错,很容易看懂,就是之前我们把单细胞已经分好群了,这个时候取全部的上皮细胞,以及部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞来一起运行inferCNV流程。 这个时候Fibroblasts和Endothelial_cells细胞是正常的二倍体细胞,而全部的上皮细胞里面就会根据CNV情况来区分成为恶性与否的肿瘤细胞。
基本上来说,大家自己制作好表达矩阵,分组信息这两个R语言里面的数据框是没有问题的,比较麻烦的可能是基因信息文件。我这里给出一个我自己的解决方案: 代码语言:javascript 复制 library(infercnv)expFile=system.file("extdata","oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix.gz",package="infercnv")geneFile...
sessionInfo()Rversion4.0.2(2020-06-22)Platform:x86_64-w64-mingw32/x64(64-bit)Runningunder:Windows>=8x64(build9200)Matrixproducts:defaultlocale:[1]LC_COLLATE=Chinese(Simplified)_China.936LC_CTYPE=Chinese(Simplified)_China.936[3]LC_MONETARY=Chinese(Simplified)_China.936LC_NUMERIC=C[5]LC_TIM...