infercnv包也包含了画图函数plot_cnv: library(RColorBrewer) infercnv::plot_cnv(infercnv_obj, #上两步得到的infercnv对象 plot_chr_scale = T, #画染色体全长,默认只画出(分析用到的)基因 output_filename = "better_plot",output_format = "pdf", #保存为pdf文件 custom_color_pal = color.palette(c...
上述的这些输出文件,对于深入分析CNV很有用,但是如果只区分肿瘤细胞,则用不到这么多文件。 6. 画图 infercnv包也包含了画图函数plot_cnv,这个知道的人不多, library(RColorBrewer) infercnv::plot_cnv(infercnv_obj, #上两步得到的infercnv对象 plot_chr_scale = T, #画染色体全长,默认只画出(分析用到的)基...
可以看到, 部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞我拿它们作为ref,理论上它们是不可能有CNV事件的,所以上面的热图的上半部分可以看到部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞都是比较整齐。而且,我在需要被检验CNV的细胞里面也掺入了部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞,它们也是没有CNV事件的,仅仅是上皮细胞可以看到泾渭...
在github下载了infercnv的代码,在inferCNV_ops.R找到了主要的运行函数,run函数,控制画图的变量为:plot_steps,画图函数为:plot_cnv() 例如: if (plot_steps) { plot_cnv(infercnv_obj, k_obs_groups=k_obs_groups, cluster_by_groups=cluster_by_groups, cluster_references=cluster_references, plot_chr_scale=...
而且,我在需要被检验CNV的细胞里面也掺入了部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞,它们也是没有CNV事件的,仅仅是上皮细胞可以看到泾渭分明的CNV有无的差异。 现在最重要的目标就是根据这个图表或者说inferCNV的结果文件,把上皮细胞里面那些恶性的部分挑选出来,可以跟文章挑选好的进行对比。或者跟我们前面的上皮细胞聚类...
读取infercnv.observations.txt文件来计算CNV score 代码如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 cnv_table<-read.table("plot_out/inferCNV_output2/infercnv.observations.txt",header=T)# Score cells based on theirCNVscores ...
读取infercnv.observations.txt文件来计算CNV score 代码如下: cnv_table<-read.table("plot_out/inferCNV_output2/infercnv.observations.txt",header=T)# Score cells based on their CNV scores# Replicate the tablecnv_score_table<-as.matrix(cnv_table)cnv_score_mat<-as.matrix(cnv_table)# Scoring# CNV...
p2=ggboxplot(phe,'inferCNV','cnv_scores', fill ="inferCNV")library(patchwork) p1+p2 出图如下: 这个时候就很明显了,这个CNV score可以代替我们的肉眼来对细胞亚群的恶性与否进行判定。 1 2 3 4 5 6 cancer 948 956 284 640 466 438 non-cancer 6 1480 1 4 219 2 ...
infercnv::plot_cnv(infercnv_obj, #上两步得到的infercnv对象 plot_chr_scale = T, #画染色体全长,默认只画出(分析用到的)基因 output_filename = "better_plot",output_format = "pdf", #保存为pdf文件 custom_color_pal = color.palette(c("#8DD3C7","white","#BC80BD"), c(2, 2))) #改...
Plot cnv references#267 Closed jingyu9603opened this issueOct 22, 2020· 9 comments jingyu9603commentedOct 22, 2020 Hi! I'd like to use infercnv to distinguish between malignant and nonmalignant cells.Code I used in docker mirror are as follows : ...