如果大家要做免疫组库,最好是有IMGT提供你研究的物种的相关新,后续数据分析会简单很多。 查看相应V,D,J和C基因数量,比如人类的 :http://www.imgt.org/IMGTrepertoire/LocusGenes/genetable/human/geneNumber.html The human genome comprises a total number of 608-665 IG and TR genes (371-422 IG and 23...
IMGt是Image Tag的缩写,它的目标是为图像提供一个独一无二的标识符,以方便图像的检索、管理和组织。IMGt编号方案可用于各种图像相关的应用领域,如图库管理系统、图像搜索引擎等。 IMGt编号方案的核心思想是利用图像的特征生成一个唯一的标识符。这个标识符可以通过各种图像处理技术和算法来提取和计算。下面是一个可能...
IMGT编号方案是用于标识免疫球蛋白和T细胞受体等免疫分子的一种系统。它由国际免疫遗传工作组(IMGT)提出,旨在为研究人员提供一个统一的编号系统,用于标识免疫分子的不同变种和亚型。 IMGT编号方案采用一种层级结构,包括基因家族、基因和变异等级。每个免疫基因家族都有一个唯一的编号,如IGH代表免疫球蛋白重链基因家族。在...
今天给大家介绍一个做免疫组库数据分析很实用的数据库IMGT,以及如何使用R从IMGT批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件。 一、IMGT简介 IMGT (imgt.org/)是免疫遗传学(ImMunoGeneTics)的缩写,专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体(T-cell Receptors,TCR)和主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,...
IMGT主要提供了一套标准化的免疫遗传学编号方案,用于描述和命名免疫相关基因和蛋白质序列。 二、IMGT编号方案的背景和意义 IMGT编号方案的提出主要是为了解决免疫遗传学领域中的命名混乱问题。在过去,研究人员对于免疫相关基因和蛋白质的命名方式各不相同,导致了大量的混乱和误解。为了统一命名规范,IMGT提出了一套完整的...
与此相对,如果某个序列中缺失了某个残基,则不会给该位置赋予编号。例如,在一个6个氨基酸长的CDR1-IMGT中,编号#27之后是编号#34(而编号#28到#33则不存在)。图3中展示了按照Kabat、Chothia和IMGT编号方案进行的对齐示例。 种系V序列(germ-line V sequence)指的是来自免疫系统基因组的、未经变异的抗体或T细胞...
一、IMGT简介 IMGT,国际免疫遗传学数据库,是一个专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体(T-cell Receptors,TcR)和主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的整合数据库,由Marie-Paule Lefranc、法国科学研究中心、法国蒙彼利埃第二大学发起并共同协调(lefranc@ligm.crbm.cnrs-mop.fr)。IMGT...
要想使用IMGT/HighV-QUEST,需要在IMGT的网站上注册一个账户(最好是edu邮箱申请,其他邮箱不知道可不可以),然后上传他们的序列数据。然后,可以选择他们想要进行的分析和输出的结果格式。分析完成后可以下载结果文件进行进一步的分析。 输入也很简单,fasta文件就行。跑完时间取决于排队情况,执行时间好像不超过半个小时就...
该方法是一种特殊的基因组测序技术，类似于全基因组、全外显子或基因panel测序，但专注于608-665个特定的IG和TR基因。此技术通过设计有限的引物实现高效捕获，无需在每个基因的每个外显子上设计探针，以确保全面覆盖。国际免疫遗传学数据库（IMGT）是分析抗原受体、免疫球蛋白（抗体）基因以及T细胞受体的...
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