系统默认Z轴步长和XY轴相同,而实际扫描的步长为0.4mm,所以红框中的数值需要改为0.4mm(十分重要!!!)。 2、将需要分析的区域单独挑选出来(Image -> Duplicate) 利用矩形工具将包含有内耳的结构框选出来,并Duplicate出含有该结构的Stack: 可得到含有内耳结构的图片Stack: 3、打开3D Viewer观察结构(Plugins -> 3D ...
下载Stack_Deflicker.class文件,放到Plugins文件夹下,就可以在Plugins -> Stack Deflicker找到这个插件。 (1)打开图片 打开插件(Plugins -> Stack Deflicker) 输入值-1对应于最亮的帧,而输入值0对应于最暗的帧。点击OK后可得校正后的Stack: 二、利用Macro 一、获取Z轴方向的光照变化 (1)利用矩形框选工具,框...
也可以用Imaris或者Amira来处理。
下图为ImageJ官网示例Stack图片t1-head.tiff,2维图像(XY视图)窗口如左侧窗口(256 x256),当前Slice为129张图片的第58张。t1-head.tiff图片属性如右图所示: 共聚焦图片Z-Stack层扫可以得到Stack或Hyperstacks图片,下图为共聚焦系列图片,该图片包含红、绿两通道以及Z...
其实很简单,一起来看一下吧 三维数据展示打开数据:拖动打开即可最大亮度投影:Image——Stack——Z projection 数据保存:File——Save As——Jpeg、PNG... 按照以上操作就可以获得一个Z轴信息叠在一块的单张图片,方便又快捷 #imagej #图像处理 #科研 #学习 #三维数据 @瑞瑞大大呀· 2024年5月9日瑞瑞大大呀 ...
Z-stack Depth Color Code ImageJ/FIJIplugin to colorcode Z-stacks/hyperstacks (8-,16-,32 bit). Allows to uses available LUTs + invert them. The plugin creates an output as Composite or RGB stack. So there is conversion to 8-bit, depending on the current Brightness/Contrast settings. ...
TIFF Virtual Stack 打开一个TIFF格式的文件作为Virtual Stack。 AVI 使用内置的AVI reader插件打开一个AVI文件,作为stack或virtual stack。动画速度是从图片帧速率获取的。 XY Coordinates 导入一个两栏的文本文件,比如通过File-Save As-XY Coordinates所存取的选区。选区可在当前图片中显示,如果当前文件太小,则在新的...
Public domain software for processing and analyzing scientific images - ImageJ/ij/ImageStack.java at 8e330d85c341d0e4cb685b0559b26b08c67f836e · imagej/ImageJ
1、ImageJ 1.50b File -> Open打开Stack图片,Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。 2、Plugins -> 3D -> Volume Viewer,其三维效果如下: Volume Viewer参数设置: Scale可调控三维体积显示的比例,可进行放大、缩小(当前Scale 1.74): Hide TF可以按照左侧各方向(XY、YZ、XZ)剖线显示三维剖面图: ...
Please note that the 3D reconstruction is based on a larger amount of input data (complete z-stack), thus resulting in an improved signal-to-noise ratio. A quantitative comparison between all four images can be found as cross-section plots for a single bead in e and for two adjacent ...