1、ImageJ 1.50b File -> Open打开Stack图片,Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。 2、Plugins -> 3D -> Volume Viewer,其三维效果如下: Volume Viewer参数设置: Scale可调控三维体积显示的比例,可进行放大、缩小(当前Scale 1.74): Hide TF可以按照左...
下载Stack_Deflicker.class文件,放到Plugins文件夹下,就可以在Plugins -> Stack Deflicker找到这个插件。 (1)打开图片 打开插件(Plugins -> Stack Deflicker) 输入值-1对应于最亮的帧,而输入值0对应于最暗的帧。点击OK后可得校正后的Stack: 二、利用Macro 一、获取Z轴方向的光照变化 (1)利用矩形框选工具,框...
1.imagej的Stacks-z slice 2.imagej的Z stack Processing 3.imagej的Z stack Processing 4.imagej的Hyperstack 5.imagej的stack应 6.imagej的影像长度校正 7.imagej的显微影像长度校正不同图片间的校正 8.imagej标注影像的Scale Bar 9.imagej+colab机器学习分割细胞 10.imagej的Stacks-Channels.mp4 11.image...
图像栈(Stack)是在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像。Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。Hyperstacks具有四个以上维度,例如X(长),Y(宽),Z(片),C(通道)和T(时间帧)。 (1)ImageJ软件File -> Open打开Stack图片: (2)点击Maximum Intensity Projection (MIP) Tool即可快速得到最大密度投影的图片,...
实际上ImageJ里Z-axis和时间序列在很多分析中是通用的。我们这里介绍的几个功能都是既能用于时间序列,也能用于Z-stack。不多说了,大家看看下面的时间序列的在使用了Plot Z-axis profile得到的强度随时间变化图吧。 时间序列的Montage展示 ★ 拍了时间序列,想直观的展示变化?很简...
也可以用Imaris或者Amira来处理。
在ImageJ中进行三维重建是一个常见的操作,特别适用于处理如CT、MRI和共聚焦显微镜等产生的图像栈(Stack)。以下是在ImageJ中进行三维重建的步骤: 准备图像数据: 确保你拥有要进行三维重建的图像栈(Stack)。这些图像栈通常是由一系列二维图像在Z轴方向上按一定步长叠加而成的。 导入图像数据: 打开ImageJ软件,通过File...
常见的Stack图片是激光共聚焦显微镜拍摄的时间序列图像与Z stack层扫图片: 步骤: 1、 Fiji软件File -> Open打开血管Stack图片(由98张图片组成): 2、 Image -> Stacks -> Z Projection,选择MaxIntensity可将Stack图片进行最大密度投影: 3、Image-> Stacks -> 3D Projection,选择旋转方向Axis of rotation为Y轴:...
设定参数,在这里redirected to...不能选择已经标记的这张图,实际上这张已经被转换为二进制图,只有黑和白二色,要选择adjust thereshold之前的那张,这就是为什么3D Z-stack之后要多复制出一张图. Analyze￫ Set measurements (Redirected to… greyscale image) 然后点击 Analyze ￫ Analyze particles 我的细胞大...
Public domain software for processing and analyzing scientific images - ImageJ/ij/ImageStack.java at 8e330d85c341d0e4cb685b0559b26b08c67f836e · imagej/ImageJ