在ImageJ中使用IHC Profiler插件进行免疫组化分析,可以按照以下步骤进行: 1. 安装ImageJ和IHC Profiler插件 下载ImageJ: ImageJ1的下载链接:ImageJ1下载 建议使用ImageJ1,因为Fiji与IHC Profiler可能存在不兼容的情况。 安装IHC Profiler插件: 下载IHC Profiler插件压缩包(包含插件文件夹、宏文件及安装教程):IHC...
1、利用IHC Profiler插件对样本的染色情况进行自动化评分; 2、利用Trainable Weka Segmentation插件分别对阳性细胞和阴性细胞进行计数; 一、IHC Profiler-自动分析染色情况 IHC Profiler,将阳性细胞的平均灰度值(染色强度)和阳性面积百分比(染色面积)共同作为 IHC 测量指标[2],最终给出四种评分:High positive (3+), Po...
2️⃣ File——Open,选择胞浆着色的图片 3️⃣ 点击Plugins——IHC Profiler 4️⃣ 确认是否为胞浆着色,可选择核着色 5️⃣ 选择H DAB,点击OK📊 评分结果如图所示,可进行赋分分析。今天刚摸索了基本步骤,许多功能还有待探索,之后会总结IHC免疫组化的方法步骤以及图片分析的意义。 长图 0 0 发表...
凝檬睛创建的收藏夹科研绘图内容:如何用ImageJ对免疫组化进行半定量分析(AOD计算&IHCprofiler),如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
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进入以下界面: 调节Threshold阈值选中所有核着色,点击Plugins,选择IHC Profiler Macro,得到结果: 这个用于临床或者科研组织病理学分析的新工具可以在全球范围内用于评估大多数定位于细胞质或者细胞核的蛋白质,这种方法可以尽量减少不同实验室之间观察者之间差异的问题,为进一步为跨国间的临床试验提供了有效的保证。
2、点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面: 询问是否是胞浆着色,下拉可选择核着色,此处选择胞浆着色,点击OK,进入以下界面,选择H DAB点击OK。 得到结果为High Positive: 而对于胞核着色,操作略微不同: 1、 打开Imagej软件,打开胞核着色图片: 2、点击Plugins,点击IHC Profiler,进入以下界面,选择胞核着色: ...
先前分享的10步填上免疫组织化学(IHC)的坑的文章中介绍了使用IHC Profiler插件对免疫组化结果进行打分,有兴趣可以点这里。今天给大家分享另一种免疫组化图片分析方法,分享之前先介绍两个概念: 1 什么是灰度值(Gray value)? 灰就是不够黑,介于黑白之间...
IHC Profiler的使用步骤包括：通过Image -> Color -> Color Deconvolution 分离想要测量的Channel，选中Channel，运行Macro，即可得到四种评分所占面积的百分比。Trainable Weka Segmentation插件用于自动阳性细胞计数，其原理基于机器学习算法。打开图片和插件（Plugins -> Trainable Weka Segmentation），选择细胞质...
就笔者自身的使用习惯而言,我更青睐于后者。这两个插件都需要java语言环境,这也是很多教程没有明说的一点。IHCProfiler应用时,对图片的质量要求更高,而且它输出的结果不是细胞数目,而是阳性等级判读,结果并不精确。就冲着可以自主训练模型这一点,IHCToolbox它...