打开以下网址:https://gwas.mrcieu.ac.uk/ ,点击datasets: 先找暴露数据的SNP。 在GWAS ID后面的框里输入ieu-a-2,然后点击Filter,在出来的结果中点击ieu-a-2这个结果: 就可以来到下载界面,点击Download VCF即可下载暴露数据的完整的GWAS数据: 下载结局数据也是完全一样的流程,就不重复演示了。我这里为了和前面...
1.获取基因的ENS号,以CA2为例,在NCBI中查询基因: 可选择人属性或者其他如大小鼠,这里以人为例: 直接复制图中的ENS号“ENSG00000104267” 2.打开网站,输入ENS号,点击搜索 IEU OpenGWAS project 点击直接下载VCF文件,获得相关数据。
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www...
分别是3000英镑/6000英镑/9000英镑),我们这里使用的其实是2018年有UKbiobank分享出来的数据,这个数据是免费且不需要注册的,所以数据时间上可能会有点滞后,但是也还好,因为不像是测序数据,一般来说大批量的GWAS数据普通课题组是无法承担的
MRC-IEU OpenGWAS API Source code for backend ofhttps://gwas.mrcieu.ac.uk/. Seeherefor more details. Elsworth B, Lyon M, Alexander T, Liu Y, Matthews P, Hallett J, Bates P, Palmer T, Haberland V, Davey Smith G, Zheng J, Haycock P, Gaunt TR, Hemani G. The MRC IEU OpenGWAS ...
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library(usethis) library(ieugwasr) library(TwoSampleMR) Sys.setenv(OPENGWAS_JWT="令牌号") #建立ieu和github之间的联系,令牌网址 IEU OpenGWAS projectBMI<-extract_instruments(outcomes= c(…
背景:骨坏死是一种导致关节功能严重受限的骨科疾病,其发病机制涉及多种风险因素.组织蛋白酶作为一类在骨代谢中起关键作用的酶,其活性与骨细胞的增殖,分化及骨基质的重塑密切相关.然而,以往研究多集中于描述性分析,缺乏对因果关系的直接证据.目的:通过分析FinnGen数据库中的大规模欧洲人群样本数据,明确组织蛋白酶与骨坏...
前面加上 OPENGWAS_JWT=,完成后保存并重启R。 验证设置 🔍 最后,运行以下代码:ieugwasr::get_opengwas_jwt()。如果返回了Token,就证明设置正确。 开始MR分析 🚀 完成以上步骤后,就可以开始愉快的进行MR分析了,享受飞一般的感觉吧! 希望这些步骤能帮到你,祝你分析顺利! 0 0 发表评论 发表 ...
访问[opengwas api网站](api.opengwas.io/)。 若用微软邮箱,点击“sign in with microsoft”,登录注册好的outlook邮箱;若用GitHub账号,点击相应登录选项,输入账号密码登录。 登录成功后,点击“generate a token”生成token,生成后需在蓝色框的value部分复制完整的token并保存。 1. 从暴露中提取SNPs。 若使用预clum...