理解了以上3个参数,就能够正确的使用htseq-count了。对于非链特异性的数据,常规用法如下 代码语言:javascript 复制 htseq-count \-f bam \-r name \-s no \-a10\-t exon \-i gene_id \-m union \--nonunique=none \-o htseq.count \ align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比ht...
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以...
在BAM文件,包含了比对上的reads和没有比对上的reads, 只有比对上的reads 会用来计数,htseq-count默认会根据mapping的质量值对BAM文件进行过滤,默认值为10, 意味着只有mapping quality > 10的reads才会用来计数,当然可以通过-a参数来修改这个阈值。 能够明确reads属于一个featurer时...
理解了以上3个参数,就能够正确的使用htseq-count了。对于非链特异性的数据,常规用法如下 htseq-count -f bam -r name -s no -a 10 -t exon -i gene_id -m union --nonunique=none -o htseq.count align.sorted.bam hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅...
输入: 排序、比对出现在输入数据 htseq-count -r name /data12/dev/users/guoh/work/yeast_RNASeq_excerpt.s...
在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。
align.sorted.bam \ hg19.gtf 在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 − MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 745 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 2019-12-10 09:...
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 −MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 745 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 ...
在运行速度上,featurecounts比htseq-count快很多倍,而且feature-count不仅支持基因/转录本的定量,也支持exon等单个feature的定量。所以更加推荐使用featurecounts来定量。