python setup.py install--user## 安装cd~/.local/bin/## 进入软件可调用目录 003、测试命令 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~/.local/bin#./htseq-countusage: htseq-count [options] alignment_file gff_file htseq-count: error: the following arguments are required: samfilenames, featuresfilename ...
HTSeq的作者Simon Anders建议使用ENSEMBL的gtf文件。 但是如果用了ensembl的,那么之前tophat就应该用ensembl的gtf作为参考来比对 也可以使用python -m HTSeq.scripts.countinstead of htseq-count 我的命令是: /home/jmzeng/.local/bin/htseq-count case1.sam /home/jmzeng/ref-database/hg19.gtf 但是我还是喜欢...
安装HTseq: pip install HTseq 从STARsolo得到的bam file缺少index,需要先: samtools index SRR11050949Aligned.sortedByCoord.out.bam 然后跑HTseq: htseq-count -f bam -r name -i gene_id -s yes -t gene -…
使用htseq-count进行定量分析 欢迎关注”生信修炼手册”!和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw cou 数据 默认值 取值 原创 庐州月光 2022-06-21 09:12:57 328阅读 安装ubuntu安装cheese安装ubuntu安装教程 U盘安装Ubuntu16.04 教程(安装全过程,不包含下载)官网:cn.ubuntu/下载连接:位:http://releases.ubu...
htseq-count-f bam-r name-s no-a10\-t exon-i ID-m union.bam GFF \>count.txt#参数-f 输入格式bam/sam-r 对sam或者bam的排序方式。默认为name。HTseq推介使用name,一般比对软件也都是按name进行排序-s stranded;默认为yes。一般选择no, yes是成对的reads数量-a 默认10;忽略比对质量低于此值的比对...
HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件,能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂,容易上手。 1.配置编译环境 安装相关依赖。 yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2-devel xz...
在转录组定量分析时,如果采用的是alignment-based转录组定量策略,那么一般会使用的是HISAT2、STAR或者TopHat等比对软件。 接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-count工具来获取每个基因上的count数。所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HT...
能用apt-get安装的最好不要使用conda安装,conda安装的有时运行起来有问题,比如说我的hisat2,bowtie2无法接samtoolssort使用,很神奇,但用apt-get安装的就可以,可能和conda环境有问题,我还没找到解决办法 安装aspera 1.sra转为fastq fasterq-dump-3-e8-p-o 输出路径 sra文件 ...
在转录组定量分析时,如果采用的是alignment-based转录组定量策略,那么一般会使用的是HISAT2、STAR或者TopHat等比对软件。 接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-count工具来获取每个基因上的count数。所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HT...
在转录组定量分析时,如果采用的是alignment-based转录组定量策略,那么一般会使用的是HISAT2、STAR或者TopHat等比对软件。 接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-count工具来获取每个基因上的count数。所谓count数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将reads分配到各个基因上。HT...