每个文件夹里面会有一个star_gene_counts.tsv,我们可以随便打开一个看一下,这个文件的内容跟老版本的完全不一样,包含的信息更多。甚至包含了RNA类型,这样就能很容易的区分mRNA和lncRNA了,另外还包含的基因的名字,再也不用担心ID转换问题了。 这里除了有STAR-counts,还有TPM,FPKM和FPKM_UQ。这几个数据的具体计算方...
安装HTseq: pip install HTseq 从STARsolo得到的bam file缺少index,需要先: samtools index SRR11050949Aligned.sortedByCoord.out.bam 然后跑HTseq: htseq-count -f bam -r name -i gene_id -s yes -t gene -…
3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是STAR-Counts。我们就选择这个STAR-Counts。 你会发现STAR-Counts里面有88个文件,其中44个是Gene Expression Quantification,这是我们合并表达谱所需要的文件。剩下的44文件是Splice...
解压 $ tar -zxvf HTSeq-0.6.1p1.tar.gz 安装 $cdHTSeq-0.6.1p1/$python setup.py install --user 测试 $python>>> import HTSeq>>> 能够 完成在python 里面导入 HTSeq 这个包,说明安装成功。
Star101 GPL-3.0 license starsforks NotificationsYou must be signed in to change notification settings Code Issues8 Pull requests1 Actions Projects Wiki Security Insights Additional navigation options 15Branches97Tags This branch is263 commits ahead of,1 commit behindsimon-anders/htseq:master. ...
nyuhuyang / RNAseq_pipeline Star 2 Code Issues Pull requests Pipeline of somatic variant analysis using Waldenstrom macroglobulinemia patient’s RNA-seq data, including tools like STAR, HTseq, VarScan in parallel computing in SGE clusters, Deseq2 and GSEA in R deseq2 rna-seq-analysis ht...
在转录组定量分析时,如果采用的是 alignment-based 转录组定 量策略,那么一般会使用的是 HISAT2、STAR 或者 TopHat 等比对软 件。 接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之 前一般是采用 HTSeq-count 工具来获取每个基因上的 count 数。所谓 count 数,个人简单的理解为根据不同比对情况,将 ...
我们通过HTseq-count对hisat2比对后的bam文件进行计数后,会得到每个基因上比对上的reads数,也就是通常所说的count数。接着如果需要比较不同样本同个基因上的表达丰度情况,则需要对count数进行标准化,因为落在一个基因区域内的read counts数目一般可以认为取决于length of the gene(基因长度)和sequencing depth(测序...
--runThreadN指定所用的线程数为8;--runMode指定STAR要完成的动作,默认是alignReads,所以这里需要指定为genomeGenerate以生成索引文件;--genomeDir指定索引文件的生成目录;--genomeSAindexNbases指构建的索引长度,默认14,建议取10-15。该值越大会消耗越多的内存,但是检索的更快。但是对于小基因组来说,不能太大,...
每个文件夹里面会有一个star_gene_counts.tsv,我们可以随便打开一个看一下,这个文件的内容跟老版本的完全不一样,包含的信息更多。甚至包含了RNA类型,这样就能很容易的区分mRNA和lncRNA了,另外还包含的基因的名字,再也不用担心ID转换问题了。 这里除了有STAR-counts,还有TPM,FPKM和FPKM_UQ。这几个数据的具体计算方...