TPM,FPKM和FPKM_UQ的定义如下。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 FPKMThe fragments per kilobaseoftranscript per million mappedreads(FPKM)calculation aims to controlfortranscript length and overall sequencing quantity.Upper QuartileFPKMThe upper quartileFPKM(FPKM-UQ)is a modifiedFPKMcalcu...
The length sum of all the exons of this gene. RPKM:(#这里需要注意但是双端测序技术还未普及,这里未使用FPKM,况且RPKM和FPKM也不是能很好的代表基因表达水平 ) The expression level of this gene in RPKM. output文件示例: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 head example.read_cnt ENSG00000000003 TSPAN6...
和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发,集成在HTseq这个包中。 对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 hts...
FPKM (Fragments Per Kilobase Million):Fragment Per Kilobase of transcript per Million mapped reads(每1百万个map上的reads中map到外显子的每1K个碱基上的Fragments个数)。 公式: FPKM= read counts / (mapped reads (Millions) * exon length) #这里的exon length的单位是kb 这里要先得到的是每个exon的...
目前对read count标准化的算法有RPKM(SE), FPKM(PE),TPM, TMM等,不同算法之间的差异与换算方法已经有文章进行整理和吐槽了。但是,有一些下游分析的软件会要求是输入的count matrix是原始数据,未经标准化,比如说DESeq2,这个时候你需要注意你上一步所用软件会不会进行标准化。
而且count、TPM、FPKM都有,为后续差异分析提供便利。但featureCounts 和HTSeq-count只能定量所指定的meta_feature,且结果单一。featureCounts的定量速度是显而易见的快[6]。featureCounts与HTSeq-count对待多重比对reads的态度有所不同。HTSeq-count采用全部丢弃的策略,而featureCounts更加灵活,可以通过参数-m进行处理。