STAR-counts的计算比较直截了当,就是有几条reads比对到相应的基因上面,counts就是几。 TPM,FPKM和FPKM_UQ的定义如下。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 FPKMThe fragments per kilobaseoftranscript per million mappedreads(FPKM)calculation aims to controlfortranscript length and overall sequen...
FPKM-UQ = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数,比如edgeR和DEseq2,要求输入的为counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-...
TCGA数据库中RNA-Seq数据类型解析:HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ 现在常用的基因定量方法包括:R… smile...发表于生信数据分... RNA-seq 非特异性建库or链特异性建库 一、非特异性建库过程反转录为单链cDNA,DNA聚合酶合...
The length sum of all the exons of this gene. RPKM:(#这里需要注意但是双端测序技术还未普及,这里未使用FPKM,况且RPKM和FPKM也不是能很好的代表基因表达水平 ) The expression level of this gene in RPKM. output文件示例: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 head example.read_cnt ENSG00000000003 TSPAN6...
1.Htseq Count To Fpkm 2.【原创】R语言实战:read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化 我主要是参考上面两篇文章的代码,因为这两篇文章的代码都不完整,但是合起来正好是一个完整的转换过程。 首先看一下什么是FPKM吧: FPKM (Fragments Per Kilobase Million):Fragment Per Kilobase of transcript pe...
这里除了有STAR-counts,还有TPM,FPKM和FPKM_UQ。这几个数据的具体计算方法可以参考TCGA官方文档https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/ STAR-counts的计算比较直截了当,就是有几条reads比对到相应的基因上面,counts就是几。
Htseq Count To Fpkm 我们通过HTseq-count对hisat2比对后的bam文件进行计数后,会得到每个基因上比对上的reads数,也就是通常所说的count数。接着如果需要比较不同样本同个基因上的表达丰度情况,则需要对count数进行标准化,因为落在一个基因区域内的read counts数目一般可以认为取决于length of the gene(基因长度)...
目前对read count标准化的算法有RPKM(SE), FPKM(PE),TPM, TMM等,不同算法之间的差异与换算方法已经有文章进行整理和吐槽了。但是,有一些下游分析的软件会要求是输入的count matrix是原始数据,未经标准化,比如说DESeq2,这个时候你需要注意你上一步所用软件会不会进行标准化。
从整体上看,RSEM很全面的,因为它调用了STAR做联配,所以效率高速度快,而且这个组合输出的文件相当丰富,除了基于基因组和转录本比对的bam文件,其定量文件还包含count、TPM、FPKM等,为后续分析提供很大便利。相比之下HISAT2-featureCounts的定量结果只包含count和TPM,HISAT2-HTSeq-count的定量结果仅有count,比对结果只有...