python setup.py install--user## 安装cd~/.local/bin/## 进入软件可调用目录 003、测试命令 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~/.local/bin#./htseq-countusage: htseq-count [options] alignment_file gff_file htseq-count: error: the following arguments are required: samfilenames, featuresfilename ...
htseq-count 的安装 HTSeq: Analysing high-throughput sequencing data with Python Prequisites and installation 安装依赖的组件 $ sudo apt-getinstallbuild-essentialpython2.7-dev python-numpy python-matplotlib 下载 $wget --no-check-certificatehttps://pypi.python.org/packages/source/H/HTSeq/HTSeq-0.6.1...
共两万多个基因,每个基因一行,基因名加上count数 可以head看一下里面的内容如下 tips; 1,你可以用--idattr transcript_id来指定程序计算转录本而不是基因,但是这样会导致共有转录本重合地方太多 参考: 安装http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/2549 操作htseq的方法http://www-huber.embl.de/users/anders/HT...
对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 代码语言:javascript 复制 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 htseq-count的设计思想和featurecounts非常类似,也包含了feature和meta-features两个概念。对于转录组数据而言,feature指的是exon, 而meta-...
对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 pip install HTSeq 1. HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。 htseq-count的设计思想和featurecounts非常类似,也包含了feature和meta-features两个概念。对于转录组数据而言,feature指的是exon...
HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件,能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂,容易上手。 配置流程 1.配置编译环境 安装相关依赖。 yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2...
和featurecounts一样,htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发,集成在HTseq这个包中。 对于python的包,通过pip可以方便的进行安装,代码如下 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能,htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。
安装HTseq: pip install HTseq 从STARsolo得到的bam file缺少index,需要先: samtools index SRR11050949Aligned.sortedByCoord.out.bam 然后跑HTseq: htseq-count -f bam -r name -i gene_id -s yes -t gene -…
COUNT(*)、COUNT(主键)、COUNT(1) 2019-12-03 16:15 −MyISAM引擎,记录数是结构的一部分,已存cache在内存中; InnoDB引擎,需要重新计算,id是主键的话,会加快扫描速度; 所以select count(*) MyISAM完胜! ... 幂次方 0 746 ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 ...
在转录组数据分析中htseq-count在之前是被广泛的使用,后来由于出现了像featurecounts等一系列的软件,htseq-count的热度渐渐降下来了,最主要的原因就是-“慢”。 之前的版本,htseq-count无法利用多线程工作,导致其在处理SAM文件上和计算Reads上速度大打折扣。网络上htseq-count的陈旧教程很多,但是最新版的htseq-count...